בשנת 1927 החליטה ועידת ההסתדרות השלישית על הקמת 'מרכז הקואופרציה', או בשמו המלא 'מרכז הקואופרציה למלאכה, חרושת ושירותים ציבוריים'. המרכז נוסד בשנת 1928 כמוסד ארגוני-משקי, שתפקידו לטפל בענינים קואופרטיביים, לפתח את הקואופרציה היצרנית-שירותית ולקדם את עניני חבריה. התחומים שבהם מטפל המרכז: ארגון קואופרטיבים חדשים ורישומם; מימון; שיכון וציוד; אספקת סחורות וחומרי גלם; שיווק התוצרת; ייעוץ משפטי ובוררות; הדרכה כלכלית, מנהלית וטכנולוגית; ביטוח חיים ורכוש; הסברה, תרבות וחינוך.

בשנת 1934 נרשם 'מרכז הקואופרציה' כאגודה שיתופית. בשנת 1935 נרשם 'המרכז' כ'ברית פיקוח' של הקואופרטיבים ובתוקף סמכותו פיקח על ניהול חשבונות תקין בקואופרטיבים ועל ניהול הפעילות בהתאם לחוקי הקואופרציה ולערכיה. בשנת 1962 החליטה מזכירות חברת העובדים להפריד בין הפונקציה הארגונית-משקית לפונקצית הפיקוח והביקורת, ומאז הן פועלות כגופים נפרדים.

'מרכז הקואופרציה' מורכב משלוש חטיבות: א) תובלה ותחבורה - כוללת קואופרטיבים להסעת נוסעים ולהובלת משאות. ב) חרושת ומלאכה - כוללת קואופרטיבים מענפי המתכת, החשמל, העץ, חמרי הבנין, עבודות עפר, דפוס ונייר, עור, הלבשה, מאפיות ועוד. ג) שירותים - כוללת קואופרטיבים מהענפים הבאים: בשר, קרח, נפט, תרבות (בתי ספר, בתי קולנוע), מכבסות, מסעדות, שירותי אחזקה וניקיון. כל אחת מהחטיבות כוללת מחלקות או מדורים לפי סוגי הענפים והעיסוקים. במסגרת הכללית של 'מרכז הקואופרציה' פועלות מחלקות ומדורים לארגון, למשפט, לכספים, לנוער, לביטוח ולתרבות. למרכז משרדים אזוריים בערים הגדולות בכל רחבי הארץ.

ליד 'מרכז הקואופרציה' פועלים מוסדות עזר:
א) 'קופת הקואופרטיבים' - הזרוע הכספית של 'המרכז'. הוקמה בשנת 1934 במטרה לממן את הפעולות המשקיות והכלכליות של הקואופרטיבים. הקופה מגייסת אשראי להקמת קואופרטיבים חדשים ולפיתוח הקואופרטיבים הוותיקים. בשנת 1965 הצטרפו חברת העובדים ובנק הפועלים כשותפים לקופה. בשנת 1973 הועברה הקופה לידי בנק הפועלים.
ב) 'נוע' - חברה שהוקמה בשנת 1935 ועוסקת באספקה ובריכוז קניות למשק התחבורה הקואופרטיבי.
ג) 'שחף' - חברה שהוקמה בשנת 1951 במטרה לספק לקואופרטיבים ציוד, כלי עבודה, חומרי גלם וסחורות, וכן עוזרת לקואופרטיבים בשיווק תוצרתם בארץ ובחו"ל.
ד) 'מגן' - קרן הפנסיה של חברי הקואופרטיבים. הוקמה בשנת 1950.

התנועה הקואופרטיבית מנוהלת על ידי מוסדות נבחרים. הקואופרטיבים החברים ב'מרכז הקואופרציה' שולחים צירים לוועידת הקואופרציה. הוועידה מתכנסת בדרך כלל אחת לשלוש עד חמש שנים ובוחרת מועצה. המועצה בוחרת מרכז. המרכז בוחר מזכירות פעילה אשר מדריכה, מכוונת ומפקחת - בעזרת ועד מנהל והנהלה - על הפעילות של 'מרכז הקואופרציה'. המועצה בוחרת גם 'משפט חברים' - ערכאה שיפוטית פנימית של הקואופרציה.

בשנים 1989-1948 הוציא 'מרכז הקואופרציה' לאור את הביטאון 'שיתוף'.

בשנת 1987 מספר המפעלים הקואופרטיבים שפעלו במסגרת 'מרכז הקואופרציה' הגיע ל-87, ומספר החברים בהם לכ-9000. הקואופרטיבים השירותיים הגדולים ביותר היו 'אגד' ו'דן', והקואופרטיב התעשייתי הגדול ביותר - 'הארגז'.