נולד בשנת 1905 בברלין, גרמניה. למד בפקולטה לאמנות באוניברסיטת ברלין ובאקדמיה לאמנות בפרנקפורט אצל הציירים מקס בקמן ופטר רסמוסן. משנת 1927 שהה בעיקר בצרפת. בתחילה למד ציור אצל אנדרה דרן בטולוז ואחרי כן באקדמיה לאמנות 'בוזאר' בפריז. בשנים 1935-1931 התפרנס מעבודה כגרפיקאי בכתבי עת צרפתיים. בשנת 1936 עלה לישראל והתיישב בקיבוץ גן שמואל.

כאשר עלה לארץ, היה כבר יוחנן סימון צייר בשל וידוע שרכש לו השכלה אמנותית והשתתף בתערוכות רבות. קיבוץ גן שמואל היסס אם לאפשר לו להצטרף לקיבוץ ונדרשה התערבותם של התאחדות יוצאי גרמניה בישראל והנהגת ה'קיבוץ הארצי' (יעקב חזן ונתן פלד)  שראתה באמן 'נכס תנועתי' שאסור לוותר עליו.

באותה עת סבר הקיבוץ כי מאמנות 'אי אפשר להוציא לחם מהארץ', ואכן סימון התחיל את חייו בקיבוץ כפרדסן. עד מהרה נהפך לצייר מוכר ברחבי התנועה והארץ ונהפך לדברה הראשי של האמנות הפלסטית ב'קיבוץ הארצי'. סגנונו המיוחד, שהושפע בין היתר מציוריו של פרנאן לז'ה הצרפתי ודייגו ריברה המכסיקני הבליטו את יחודו בין אמני התנועה.

כבר במרץ 1938 נקרא סימון ל'דגל התנועתי' כדי לאייר פלקטים לוועידת 'השומר הצעיר' שהתקיימה בפסח. אחרי כן היה לשותף בכיר בהנהגת ארגון הציירים והפסלים של הקיבוץ הארצי. הוא היה מעורב בארגון ימי עיון והשתלמויות לציירים חברי הקיבוצים, בעיצוב כרזות פוליטיות, באיור ספרים ועיתונים, בעיצוב תפאורות ובהכנת ציורי קיר מונומנטליים, כהשקפת עולם אמנותית. סימון השפיע יותר מכל על האמנות הקיבוצית, בחזקת נציגו המובהק של 'הריאליזם החברתי'. ראוי להדגיש שסימון היה צייר מעורב גם בקיבוצו גן שמואל, וחותם יצירתו הורגש בכל מעגלי החיים בקיבוץ (עלון, חגים, ציורי קיר, ותמונות שנתלו בחדרי החברים). יצירותיו נחשבות כיום כ'נכס צאן ברזל' באמנות הקיבוצית והישראלית.

סימון השתתף בחלק ניכר מהתערוכות הכלליות של אגודת הציירים והפסלים ושל אמני הקיבוץ. בשנת 1947 הציג תערוכת יחיד  ראשונה במוזיאון תל אביב. בתערוכות אלו הוצגו תמונות של 'פועלים נחים' (1943), 'חקלאים', 'פועלי תעשייה', 'שתילים וזרעים' ו'בריאות'.

בשנת 1948 היה סימון ממייסדי קבוצת 'אופקים חדשים' והשתתף בתערוכות של הקבוצה, עד לפרישתו ממנה בשנת 1956. בשנת 1952 הקים את המכון לאמנות בסמינר אורנים יחד עם אמנים חלוצים נוספים.

עבודותיו של סימון הוצגו בתערוכות יחיד וקבוצתיות רבות בארץ ובעולם: בארצות הברית, גרמניה, הולנד, בריטניה, ארצות דרום אמריקה ועוד. בשנים 1948 ו-1958 השתתף בביאנלה לאמנות בוונציה ובשנת 1953 בביאנלה בסאו פאולו. סימון זכה בפרסים רבים: פרס דיזנגוף (1946, 1952 ו-1961); פרס מטעם קונגרס התרבות היהודי, ניו יורק (1951); פרס הוועד האולימפי הישראלי (1956); פרס העשור מטעם עירית רמת-גן (1958); פרס ההסתדרות (1960).

בשנת 1953 עזב סימון את גן שמואל. אחרי עזיבת הקיבוץ שינה את סגנונו, בעיקר בעקבות סיור בברזיל ובדרום אמריקה. יצירותיו נהפכו למופשטות יותר ומסוגננות וגם נושאי הציור השתנו. הוא החל לצייר ציורי קיר גדולים במוסדות חינוך ותרבות, בספינות, במפעלים ובבתי מלון. עם ציורי הקיר המוכרים שלו נמנים ציור הקיר שצייר במשרדי בנק ישראל בניו יורק וציור הקיר בבית החרושת שמן (1956). 

בינואר 1976 נפטר סימון בביתו. בשנת 2001 התקיימה תערוכה רטרוספקטיבית מקיפה של יצירתו במוזיאון תל-אביב (האוצרת:  טלי תמיר). ספר בפורמט אלבומי-קטלוגי ('דיוקן כפול') יצא לכבוד התערוכה ובו סקירה מקיפה על תולדות חייו ויצירתו של האמן.

'נוער בקיבוץ', ציור קיר שצייר יוחנן סימון על קיר בית ספר בסאו-פאולו, ברזיל (1954). הועבר לישראל ושוחזר בחדר האוכל בגן-שמואל (2006). צלם: עמוס גיל גן-שמואל, ויקיפדיה עברית, ss-by-sa-2.5