הקיבוץ נוסד על ידי שני גרעיני הכשרה של תנועת '
השומר הצעיר', האחד מפולין והשני מגליציה. בשנים 1939-1933 עלו חברי הגרעינים לארץ ישראל וקיבלו הכשרה בקיבוצים
גן שמואל ו
כפר מסריק (אז - משמר זבולון). בשנת 1936 הם הקימו קיבוץ עצמאי בשם 'מצפה הים' בסמוך לשכונת עיו התכלת בנתניה והמשיכו לקלוט עולים משני הגרעינים.
חברי מצפה ים התפרנסו מעבודות בניין בנתניה, מעבודה במאפייה בעיר, מקטיף בפרדסים ומסלילת כבישים. הם עיבדו גן ירק והניחו יסודות לענפי משק חי: לול, רפת ומכוורת. כמו כן הוקם ענף הדיג וסירות של דייגי הקיבוץ הפליגו במימי הים התיכון. בראש הצוק, שעליו שכן הקיבוץ, נבנה בניין בן שתי קומות ששימש בית ילדים. מבנה זה שימש גם כמגדלור שאותת לאניות מעפילים שהגיעו לאזור וסימן לכוחות הפלמ"ח על הימצאות כוחות בריטיים בסביבה. סירות הדיג של הקיבוץ הורו את הדרך לספינות מעפילים שהפליגו אל החוף.
במהלך השנים התגבש הקיבוץ מבחינה חברתית ומספר החברים גדל והגיע ל-140. הוקמו משפחות ונולדו ילדים. השטח החקלאי שהוקצה לקיבוץ (14 דונם ששימשו לגן ירק) לא איפשר פיתוח משק חקלאי ולכן קיבלו החברים את הצעת המוסדות המיישבים להתיישב באדמות ברייר דרומית לאשקלון, כחלק ממפעל ההתישבות בנגב המערבי.
ב-5 בדצמבר 1943 עלתה קבוצת חלוץ להתישבות בנקודה החדשה. כמה חודשים קודם לכן התרחש מרד הלוחמים היהודיים בגטו וארשה, וחברי הקיבוץ החליטו לקרוא ליישובם 'יד-מרדכי' על שמו של מרדכי אנילביץ', חבר תנועת 'השומר הצעיר' בוארשה ומפקד המרד שנהרג במרד.
אחרי העליה על הקרקע החלה תקופה של בנייה והתרחבות. במהלך שנת 1944 הועברו לנגב חברי הקיבוץ, המבנים והציוד. נבנו בתי ילדים ובתי מגורים ראשונים עבור חברים. ענפי החי והשדה גדלו והונח יסוד למפעל שימורי ירקות. באר מים ישנה סיפקה את צורכי החקלאות, ועל ראש הגבעה נבנה מגדל מים גבוה שהזרים מים אל בתי החברים ואל השטחים החקלאיים. חברי הקיבוץ, שחזרו לאחר שירות בצבא הבריטי תרמו את משכורתם לקיבוץ ומכספים אלה נבנתה בריכת שחייה. גם היחסים עם תושבי הכפרים הערביים השכנים היו טובים למדי.
ב-29 בנובמבר 1947 התקבלה בעצרת האומות המאוחדת החלטה על חלוקת ארץ ישראל ולפיה נכללה יד מרדכי בתחומי המדינה הערבית. למחרת קבלת ההחלטה פרצה מלחמת העצמאות ומצבו הבטחוני של הקיבוץ, שנמצא בליבו של אזור בשליטה ערבית, הלך והחמיר. יריות ומחסומים של פורעים ערביים על משאיות בדרכן לקיבוץ היו לשגרה. היחסים הטובים עם השכנים נפסקו כמעט לחלוטין. והקיבוץ הושם במצור ונותק ממרכז הארץ. הקשר עם מרכז הארץ התנהל בשיירות של משאיות משוריינות ובליווי של אנשי פלמ"ח.
מיקומו של הקיבוץ על אם הדרך לתל-אביב הפך אותו ליעד אסטרטגי לאוייב במקרה של פלישה מצרית לתחומי המדינה היהודית. חברי הקיבוץ היו מודעים לכך והשקיעו מאמצים גדולים בביצור הנקודה, בחפירת תעלות קשר, בחיזוק עמדות ובהנחת מוקשים מחוץ לגדר. הקיבוץ תוגבר במחלקת פלמ"ח, והנשק שעמד לרשותו כלל מטול 'פיאט' נגד טנקים, שני מקלעים, שתי מרגמות קלות, 37 רובים ותת-מקלעים, רימונים ותחמושת בכמות מוגבלת. כל החברים עברו אימונים בשימוש בנשק ולחלקם היה ניסיון צבאי מפעילותם בצבא הבריטי, ב'הגנה' ובפלמ"ח.
ב-14 במאי 1948 הוכרזה מדינת ישראל ולמחרת החלה פלישת צבאות ערב לשטחי המדינה. ב-18 במאי הופצץ הקיבוץ על ידי מטוסים מצריים ובאותו לילה פונו הילדים וחלק מהחברות לקיבוץ רוחמה. בבוקר ה-19 במאי החלה התקפה של הצבא המצרי על יד מרדכי. לאחר הפצצות מטוסים וירי ארטילריה הסתערו כוחות חיל רגלים מלווים בשריוניות. במשך חמישה ימים הצליחו מגיני הקיבוץ, כ-150 חברים, חברות ואנשי פלמ"ח, המצויידים בנשק קל, לבלום התקפות חוזרות ונשנות על הקיבוץ. בשחר ה-24 במאי כשהמצב היה נואש, האבדות היו כבדות, התחמושת והציוד הרפואי אזלו והיה ברור כי תגבורת לא תגיע, נסוגו המגינים לגברעם. הלחימה העיקשת של מגיני יד מרדכי עיכבה את הצבא המצרי ואיפשרה לצה"ל להצטייד בנשק, לקבל את ארבעת מטוסי הקרב הראשונים, להקים קווי מגננה מגשר עד הלום מזרחה ולבלום את הצבא המצרי בדרכו צפונה לתל אביב.
הלוחמים מיד מרדכי פונו צפונה והתאחדו עם הנשים והילדים שפונו בתחילת הקרבות. בזמן הכיבוש המצרי שהו החברים בקיבוצים מעברות וגן שמואל ולאחר מכן התמקמו ב'חוות עלי קאסם' שבשרון ושם פיתחו שם משק חקלאי זמני. ב-5 בנובמבר 1948 שוחררה יד מרדכי על ידי לוחמי 'גבעתי'. החברים מיהרו לשוב לקיבוץ החרב ולהקימו מחדש. באותה שנה הצטרף לקיבוץ גרעין של חברי 'השומר הצעיר' מבולגריה וזמן קצר לאחר מכן הגיע גרעין נוסף של התנועה מאורוגוואי.
במרכז הקיבוץ, ליד מגדל המים שהופגז וקרס עם תום מלחמת העצמאות, הוקמה
בשנת 1951 אנדרטה לזכרו של מרדכי אנילביץ'.
למרגלות האנדרטה נערכת מדי שנה עצרת גדולה ביום הזיכרון לשואה ולגבורה. בשנת 1965 נפתח למבקרים אתר שחזור הקרב ממלחמת העצמאות. בשנת 1968
נחנך המוזיאון 'משואה לתקומה', המנציח את גבורת לוחמי גטו
וארשה ואת גבורת מגיני יד מרדכי. המוזיאון נבנה בסמוך לבית העלמין הצבאי בו נטמנו 26 חברים ואנשי
פלמ"ח שנפלו בקרבות מלחמת העצמאות ביד מרדכי.
ענפי המשק העיקריים בקיבוץ הם: תעשיה ('מכוורת יד מרדכי', חברת ביוטכנולוגיה לחקלאות מתקדמת), חקלאות (גידולי שדה, פרדס, מטעי אבוקדו, לול, רפת), שירותים ומסחר (מרכז קניות, תחנת דלק, בית אריזה, מוסך), תיירות (מוזיאון 'משואה לתקומה', מוזיאון 'בית הדבש והדבורה', מוזיאון 'קיבוץ של פעם) ועסקים קטנים. הקיבוץ עבר תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים.
