גרעין 'עין הים' הוקם בשנת 1936 על ידי יוצאי תנועת 'החלוץ' מפולין. חברי הגרעין הקימו את קיבוץ עין הים בדרום עתלית. השטחים החקלאיים שעמדו לרשותם במקום זה היו מצומצמים ולא איפשרו לקיבוץ להתפתח. בשנת 1947 הועמדו לרשותם שטחים גדולים יותר במקומם הנוכחי, דרומית מזרחית לעתלית. אחרי מלחמת העצמאות עבר הקיבוץ למקומו הנוכחי. לקיבוץ הצטרפה קבוצה גדולה של חברים שעזבו את קיבוץ רמת רחל שנחרב במלחמת העצמאות .

ענפי המשק העיקריים בקיבוץ הם מפעל קל-קר למוצרי פוליסטרן מוקצף וחקלאות ענפה.