המייסדים הם חברי גרעין שהתקבץ בשנת 1942 מהכשרות של תנועת 'הצופים' בארץ. הגרעין שנקרא 'הצופים א'' היה גרעין ההתיישבות הראשון של התנועה, שעד אז ראתה עצמה כתנועה שמחנכת לערכים לאומיים ואישיים בלבד. חברי הגרעין קיבלו הכשרה בקיבוצים בית השיטה, גניגר, דגניה א', דגניה ב' ואיילת השחר. אחרי כן התיישבו במחנה זמני של הסוכנות בפרדס חנה. תוך כדי עבודות חוץ בפרדסי המושבה ובמשקי הבית שלה החלו להקים משק משלהם. הגרעין התאחד מאוחר יותר עם קבוצה גדולה של בוגרי עליית הנוער מגרמניה ומאוסטריה, שהייתה בהכשרה בקיבוץ עין גב, והקבוצה המאוחדת שאפה להקים יישוב שיתבסס על דייג ימי. עד סוף מלחמת העולם השנייה שהו חברי הקבוצה בפרדס חנה. החברים התפרנסו מעבודה בסדום, באשדות יעקב ובתעש. חברים מהקיבוץ יצאו בשליחות לבריגדה, לפלמ"ח ולעבודה בקיבוצים אחרים. הגופים המיישבים הציעו לקיבוץ להתיישב באדמת כבארה, שבבעלות חברת פיק"א, אזור ביצות שנוקז בשנות ה-20. המקום התאים לאנשי הקיבוץ ששאפו להיות קרובים לים, שבו כבר היתה להם ספינת דייג אחת.
בתום המלחמה, בשנת 1946, בעקבות בקשה של מטה ה'הגנה' עברו חברי הקיבוץ להתיישב באופן זמני ב'גבעת הקיבוצים' ברחובות. בגבעה נחפר באותה עת בור ענק, ובתוכו נבנה בית החרושת לתחמושת המכונה 'מכון איילון'. הקיבוץ שהוקם במקום שימש מסווה לבית החרושת וחברי הקיבוץ עבדו בייצור התחמושת. בתקופה שהקיבוץ שהה ברחובות, הואטה הצמיחה החברתית. הורשו להצטרף אליו רק חברים שעברו את ביקורת הש"י של ה'הגנה'. נקלטו חברי פלמ"ח, ימאים ועולים יוצאי התנועה והכשרה מגוייסת של הפלמ"ח. בנוסף לכך באותן שנים הוקמו ענפי משק נוספים, נרכשה ספינה נוספת. במלחמת העצמאות נטלו חברי הקיבוץ חלק במאמץ המלחמתי באמצעות התגייסות לכוחות הלוחמים והגברת מאמצי הייצור בבית החרושת.
אחרי הקמת המדינה בקיץ 1948 הועבר הייצור למפעלי התעש החדשים. ב-25 באוגוסט 1949 עלו ראשוני החברים על הקרקע באדמות כבארה. במהלך השנים נקלטו חברות נוער וגרעינים של 'הנוער העובד' ועולים בוגרי האולפן לעברית שבקיבוץ.
הקיבוץ נקרא על שם מיכאל פולק, מראשי חברת פיק"א בעלת האדמות עליהם הוקם הקיבוץ. המילה מעגן מבטאת את הקשר לים.
מאגר מידע מפולח 
