המייסדים הם חברי שני גרעינים מתנועת 'הנוער העובד' שהתאחדו במחנה בסמוך לגבעת ברנר. הגרעין הראשון התגבש מקבוצות של חברי התנועה שיצאו בשנת 1926 לעבודות חקלאיות ברחובות. הגרעין השני הוקם בפתח תקווה על ידי נערים עולים בוגרי 'כפר ילדים'. נען הוא הקיבוץ הראשון שהוקם על ידי תנועת 'הנוער העובד' וטקס הנחת אבן הפינה נערך בחג שמחת תורה תרצ"א, ביום שבו נערכה הוועידה השנייה של 'הנוער העובד'.
ב-5 בנובמבר 1930 התיישבו ארבעים ושניים המייסדים על גבעה חולית מרוחקת מכל יישוב יהודי ומוקפת בכפרים הערביים סתריה ונענה. לרשותם של המתיישבים עמד שטח של 243 דונם בלבד והם סבלו ממחסור בקרקע, במים ובמקורות פרנסה. לקיבוץ הצטרפו קבוצות הכשרה של 'הנוער העובד', חברים נוספים מתנועות חלוציות בפולין, בגרמניה ובסוריה. חברי הקיבוץ התפרנסו בדוחק מעבודות חקלאיות במושבות הסמוכות, מנטיעות עבור חברת 'יכין' ובעבודות בניין וסלילה. חלק מהחברים נשלחו לעבוד במקומות מרוחקים: בסלילה בעמק יזרעאל, במפעלי האשלג בסדום, בנמל תל אביב, במפעל המלח בעתלית ועוד.
בימי מלחמת
העולם השנייה התפתחו ענפי התעשייה והשירותים במטרה לענות על צרכי הצבא הבריטי והאוסטרלי שחנו בארץ. בשנת 1941 הוחלט במועצת 'הקיבוץ המאוחד' שנערכה בנען על הקמת הפלמ"ח. בשנות המאבק היה במקום בסיס למחלקות הפלמ"ח, כולל מחלקת הטיס. הקיבוץ שימש בסיס למבצעים רבים של ה'הגנה', הפלמ"ח וצה"ל. בנען היה גם בית מלאכה לפגזים ולרימונים של ה'הגנה'. ב'שבת השחורה' נערך חיפוש בקיבוץ וחברים רבים הושמו במעצר ברפיח ובלטרון. גרעיני התיישבות רבים מתנועות 'המחנות העולים' ו'הנוער העובד' קיבלו במקום הכשרה חקלאית וצבאית.
אחרי מלחמת העצמאות גדל שטחו של הקיבוץ ל-7,500 דונם וכן הועמדו לרשותו בארות מים שאפשרו פיתוח ענפי חקלאות. כיום חיים בקיבוץ כ-1200 אנשים. חברי הקיבוץ מתפרנסים בעיקר מחקלאות (רפת וגד"ש) ומתעשיה ('נען דן מוצרי השקיה' בשותפות עם קיבוץ דן). כיום נען הוא אחד הקיבוצים הגדולים והמבוססים בארץ. בתחילת 2005 החליטו החברים לבצע בקיבוץ הפרטה.
מקור שמו של הקיבוץ ביישוב המקראי נעמה ששכן בסמוך. השם השתמר בשמו של הכפר הערבי נענה.