המייסדים הם חברי קבוצת 'מהפכה' מברלין וקבוצת 'עבודה' מצ'כוסלובקיה שהתאחדו בשנת 1919. רובם של החברים מיוצאי תנועות הנוער 'בלאו וייס', ארגון הסטודנטים הציוניים ק.י.ו. ו'הרצל קלוב'. חברי הקבוצה המאוחדת עלו ארצה בשנת 1920 וקיבלו הכשרה בחוות חפצי-בה ליד חדרה. בשנת 1922 עברו לנהלל ועבדו בבניין ובייבוש ביצות.
ב-15 באוקטובר 1922 עלה הקיבוץ על הקרקע בגוש נוריס. הקיבוץ הוקם ליד קיבוץ בית אלפא, כדי שהקיבוצים הסמוכים יוכלו להגן זה על זה בסביבה שהייתה אז עויינת. חפצי-בה הגדירה עצמה במשך שנים כ'קבוצה קטנה', הכוללת 32 משפחות בלבד. בשנת 1944 הצטרפה ל'קיבוץ המאוחד'. במהלך השנים נקלטו בקיבוץ גרעינים נוספים. בעקבות הפילוג ב'קיבוץ המאוחד' בשנת 1951 עברו לקיבוץ חברים מקיבוץ חמדיה.
לפני הקמת המדינה שימש הקיבוץ כבסיס לפלגות הלילה המיוחדות של וינגייט, לנוטרים ולפלמ"ח.
שם הקיבוץ הוא כשמה של החווה שבה הוכשרו המייסדים. מקור השם בתנ"ך: 'לא יאמר לך עוד עזובה ולארצך לא יאמר עוד שממה כי לך יקרא חפצי-בה ולארצך יקרא בעולה כי חפץ ה' בך וארצך תיבעל ' (ישעיהו ס"ב, ד').