בשנת 1926 התיישבה במקום קבוצה של עשר משפחות מיוגוסלביה. המתיישבים התפרנסו מפלחה, כרם ולכמה מהם היו פרות. בשל מחסור במים, מחסור בידע חקלאי וקשיי פרנסה התקשו המתיישבים להישאר במקום. היתה תחלופה של תושבים ורק שלוש משפחות החזיקו מעמד עד שנת 1936.

בשנת 1934 רכש דוד קלדרון משק במקום. הוא הבין שאין זכות קיום לישוב כה קטן ופנה למוסדות המיישבים שישלחו למקום גרעין התישבותי. בשנת 1936 עלו להתישבות בבית שערים חברי 'ארגון אפרים', שנקרא על שמו של אפרים צ'יזיק, שנהרג בהגנה על חולדה במאורעות 1929. הארגון הוקם בשנת 1930 על ידי חברי 'הנוער העובד' בני המושבים בלפוריה, מרחביה, נהלל, תל עדשים וכפר יחזקאל. בית שערים נחשב למושב הראשון של תנועת 'הנוער העובד'.

חברי הארגון עברו הכשרה במגדל ושהו במקום כשלוש שנים עד לעלייה על הקרקע. במגדל הצטרפו אליהם חברים מהתנועות 'שחריה', 'גורדוניה' ו'הבחרות הסוציאליסטית', רובם יוצאי רוסיה ופולין, שהעדיפו להתיישב במושב ולא בקיבוץ. לארגון הצטרפו גם בוגרות של בית הספר החקלאי בנהלל ושל משקי פועלות.

ב-27 במארס 1936 עלה המושב על הקרקע לאחר תשלום פיצויים למתיישבים הקודמים שעזבו. בתחילה התגוררו המתיישבים במחנה צריפים שנבנה על השטח של בית שערים היוגוסלבית. המחנה מנה כ-60 צריפים והמתישבים עבדו לפרנסתם בעבודות חוץ, בין השאר בחפירת תעלות לצנרת מים לישוב. כעבור שנתיים הכין האדריכל ריכרד קאופמן תוכנית למושב הכולל 70 משקים. האדמות חולקו למגרשים אשר הוגרלו בין המתיישבים והצריפים הועברו בשלמותם למגרשי החברים. היישוב חובר לרשת המים של 'מקורות' והושלמה מכסת הקרקעות שלו. המתישבים פיתחו משק מעורב: רפת, לול, פלחה, ירקות ומטעים. עבור הפרות נבנו רפתות מבטון ואילו החברים המשיכו לגור בצריפים. בשנות ה-50 נבנו בתי הקבע והיישוב חובר לרשת החשמל.

בדור הבנים עבר המשק החקלאי שינוי ממשק מעורב למשק מתמחה, כלומר ענף אחד עיקרי גדול. ענפי המשק העיקריים כיום הם: רפת, צאן, לול, ירקות, גידולי שדה, משתלות לצמחי נוי, פרדסים, מטעי זיתים.

בשנות ה-90 נבתה הרחבה עבור בני המושב. 

המתיישבים הראשונים קראו למקום בית שערים, מאחר וסברו שבמקום שכנה בית שערים העתיקה, עירם של הסנהדרין. רק עשור מאוחר יותר התגלו שרידי בית שערים ההסטורית בפאתי קריית עמל על ידי אלכסנדר זייד.