המושב הוקם בסיועה של אגודת 'בני בנימין'. במקום התיישבו משפחות של ילידי הארץ, בני איכרים מפתח תקווה, יסוד המעלה, נתניה ועוד. המושב עלה על הקרקע ב-15 בינואר 1940. ב-14 בינואר 1941 הוקם בסמוך המושב שער חפר. כעבור זמן קצר התאחדו המושבים גן חפר ושער חפר. הישוב המאוחד נקרא 'שער חפר'. בנובמבר 1943 התאחדו האגודות החקלאיות של בית יצחק ושער חפר. הוועדים המקומיים של הכפרים המשיכו להיות נפרדים. בשנת 1972 התאחדו בית יצחק ושער חפר במסגרת המושב בית יצחק-שער חפר.