המייסדים הם בוגרי שלושה גרעינים של 'השומר הצעיר' מפולין: גרעין 'וילנה ב'', שחבריו עלו ארצה בשנת 1933 ושהו בגבעת גנים שליד נחלת יהודה, גרעין 'נתיב אל על', שחבריו עלו ארצה בשנת 1933 ושהו בכרכור, וגרעין 'שמיר' ששהה במחנה ליד רמת יוחנן. ב-13 ביולי 1939, ביום פרסום הספר הלבן, עלה הקיבוץ על הקרקע כיישוב 'חומה ומגדל'.
הקיבוץ נקרא בשם זה מכיוון שהיה, בעת הקמתו, היישוב היהודי הדרומי ביותר בארץ ישראל. משמעות 'נגבה' בתנ"ך היא דרומה.
לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של הפלמ"ח. במלחמת העצמאות עמד הקיבוץ בגבורה בהתקפות קשות של הצבא המצרי שהסתייע בכוחות אוויר, שריון וארטילריה. היישוב נהרס כמעט כליל אך לא נכנע. עמידתם של המגינים הפכה לאחד מסמלי הגבורה של מלחמת העצמאות. אחרי המלחמה נבנה הקיבוץ מחדש.
במקום 'המוזיאון הפתוח' המציג את סיפורו של המקום ואתר המשחזר יישוב 'חומה ומגדל'.