המייסדים הם קבוצת 'עבודה' שהתארגנה בשנת 1914 בפתח תקווה ובראשון לציון. חברי הקבוצה, שהגיעו ארצה בעלייה השנייה, קיבלו הכשרתם במושבות יהודה ובכפר אוריה. חברי דגניה א' הזמינו אותם להתיישב לידם והקצו להם מאדמתם. ב-21 בספטמבר 1920 עלו חברי הקבוצה על הקרקע. היה זה היישוב הראשון שהוקם לאחר מלחמת העולם הראשונה. בהמשך הצטרפה אליהם קבוצה מעולי עלייה שלישית מבוברויסק, קבוצה מ'גורדוניה', קבוצה מ'הנוער העובד' וחלוצים מארצות הברית ומגרמניה.
בשנים 1939-1936 שימש המקום בסיס יציאה להקמת ישובי 'חומה ומגדל'. לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של יחידות פו"ש ופלמ"ח.
במלחמת העצמאות הצליחו המגינים של דגניה א' ודגניה ב' לבלום את הצבא הסורי שפלש לעמק הירדן. הסורים תקפו בשני ראשים ממשטרת צמח. כח אחד תקף את דגניה א' וכח שני את דגניה ב'. טנק סורי שהגיע לפתחה של דגניה א' נפגע ונעצר בידי חברי הקיבוץ ונמצא שם עד היום. חמישה תותחים 65 מ"מ ('נפוליונצ'יקים') שהגיעו לארץ באותם ימים נשלחו להגנת עמק הירדן. הם הופעלו שם לראשונה על ידי תותחנים של צה"ל, הפתיעו את הסורים, גרמו לבהלה והיו מהגורמים לנסיגה הסורית.