בשנת 1900 רכשה חברת יק"א את אדמותיהן של ג'סר אל מג'אמע (גשר) ומנחמיה הסמוכה במטרה להקים בהן שני ישובים יהודיים. השלטונות העות'מאניים אסרו להתישב בגשר ורק בתקופת המנדט הבריטי התאפשר הדבר. בשנת 1920 התישבה בנקודה קבוצת 'הבאשקירים', בני העליה השלישית, מחברי 'גדוד העבודה' ומשוחררי הגדודים העבריים. תנאי השטח הקשים, הבדידות, פגעי מזג האוויר וחוסר הסכמה בין החברים לגבי אופיו של הישוב - גרמו להתפרקות הקבוצה ולהתפזרות החברים.

בשנת 1924 התישבו בגשר חברי קבוצת 'אחדות', אנשי 'החלוץ' מליטא, שעברו הכשרה בעין כרם בירושלים. הם הצליחו  להיאחז  במקום, אך השטח המצומצם הגביל את ההתפתחות והגידול של הישוב. בשנת 1935 עברו חברי הקבוצה צפונה לאדמות דלהמיה, שם הקימו את קיבוץ אשדות יעקב. במקביל המשיכו לשמור ולעבד את אדמות גשר. במאורעות 1939-1936 נהדפו התקפות הערבים על גשר בשער החצר ממש.

בשנת 1939, במסגרת התיישבות 'חומה ומגדל', יושב המקום בשלישית על ידי קבוצת 'פיסטוק' של מדריכי 'הנוער העובד מתל-אביב, שהתארגנה בשנת 1937, וחברת נוער א' מאשדות יעקב, שחבריה עלו ארצה מגרמניה בשנת 1936. חברי הקיבוץ עלו על הקרקע ב-17 בפברואר 1939 למבנים ששימשו את אנשי אשדות יעקב. בשנת 1939 הצטרפו לקיבוץ חברי הכשרת רמת הכובש של  'הנוער העובד'. בשנת 1940 הצטרפו מעפילים מהאנייה 'הילדה', יוצאי גרמניה ופולין. בשנת 1941 הצטרפה לקיבוץ חברת נוער ב' מגבעת ברנר, יוצאי גרמניה ואוסטריה. בשנת 1946 הצטרפו מעפילים מהאנייה 'אנצו סירני' יוצאי פולין. בשנת 1949 הצטרפו עולים מרומניה והונגריה. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ חברות נוער נוספות וגרעינים מתנועות 'המחנות העולים' ו'הנוער העובד'.

במלחמת העצמאות עמד הקיבוץ, הסמוך לגשר נהריים ולגבול עם עבר ירדן, בהתקפות קשות של הליגיון הערבי העבר-הירדני ושל 'צבא ההצלה' של קאוקג'י. המשק נהרס כליל אך לא נעזב. לאחר המלחמה נבנה הקיבוץ מחדש על גבעה סמוכה, מרוחקת יותר מן הגבול. בתקופת מלחמת ההתשה סבל הקיבוץ מהפגזות ומפעילות חבלנית.

במקום ההתיישבות המקורי של קיבוץ גשר הוקם 'גשר הישנה - חווית נהריים', אתר המתאר את תולדות הקיבוץ ואת פעילותה של תחנת הכוח בנהריים, שפעלה בסמוך לקיבוץ עד למלחמת העצמאות.  

בשנים האחרונות עבר הקיבוץ תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים. חברי הקיבוץ מתפרנסים כיום מחקלאות (גידולי שדה, מטעים, לול, רפת, מדגה), תעשיה ('מגמא תעשיות מגנטים', 'מפעלי גבס גשר'), תיירות ('גשר הישנה-חווית נהריים', חדרי אירוח) ועסקים קטנים.