הוקם על ידי קבוצה מאנשי 'הקיבוץ המאוחד' שעבדו בסדום, שהתאחדה עם גרעין של 'המחנות העולים'. ב-8 באוקטובר 1939 עלה הקיבוץ על הקרקע במסגרת התיישבות 'חומה ומגדל'. כעבור כשנה החלה בניית יישוב הקבע. חלק מחברי הקיבוץ עבדו במפעל האשלג והאחרים ניסו לפתח משק חקלאי בתנאים הקשים של אזור ים המלח. למרות אזהרות המומחים שדבר לא יצמח באדמות המלוחות והגרועות, חברי הקיבוץ שטפו ודישנו אותן, וגידלו בהצלחה ירקות וגידולי פלחה.
בנובמבר 1947 התקבלה באו"ם תוכנית החלוקה. לפי התכנית נמצאה בית הערבה מחוץ לגבולות המדינה היהודית. באסיפה של חברי הקיבוץ התקבלה החלטה להישאר במקום. לאחר שפרצה מלחמת העצמאות החמיר המצב הבטחוני ובית הערבה נותקה ממרכז הארץ ומירושלים. בעקבות דרישה של הלגיון הירדני לכניעה ללא תנאי של התושבים, הוחלט במטכ"ל לפנות את אזור צפון ים המלח. ב-20 במאי 1948, אנשי מפעל האשלג וחברי בית הערבה פונו בסירות לסדום. המפעל והקיבוץ נבזזו ונהרסו בידי הערבים. המפונים מבית הערבה עברו לצפון הארץ והקימו את הקיבוצים גשר הזיו וכברי.
בשנת 1980 הוקמה במקום היאחזות נח"ל. בשנת 1986 הוקם קיבוץ חדש בקרבת מקום על ידי נח"לאים בוגרי 'הנוער העובד והלומד'.
שם היישוב לקוח מהתנ"ך: 'ועלה ועבר מצפון לבית הערבה' (יהושע, ט"ו, ו').