המייסדים הם חברי הכשרת 'מעוז' של 'הנוער העובד' שהוקמה במעוז חיים בשנת 1942. הגרעין קיבל הכשרה במעוז חיים ובכפר סאלד. בשנת 1944 הקימו חברי הגרעין פלוגת עבודה שנקראה 'בארות-גדרה'. בשנת 1945 התאחדה הקבוצה עם גרעין 'הצופים ב'', שקיבל הכשרה בחפציבה, בדורות ובמעוז חיים (כמחלקת פלמ"ח), ואחרי כן שהה כפלוגת עבודה בבנימינה. הגרעין המאוחד נקרא 'הצופים ב' בארות'. בשנת 1946 הצטרף אליהם גרעין של 'החלוץ' מעיראק שקיבל הכשרה בקיבוץ אלונים.
במוצאי יום כיפור תש"ז (1946) עלתה פלוגת חלוץ של הקיבוץ על הקרקע במסגרת התיישבות 11 הנקודות בנגב. המתיישבים יצאו מבארות יצחק ובסיוע חברים ממשקי 'הקיבוץ המאוחד' התיישבו באדמות נח'ביר. בשנים הראשונות חלק מחברי הקיבוץ נשארו בגדרה מטעמים בטחוניים וכלכליים. לאחר הקמת המדינה, העתיק הקיבוץ את מקומו מזרחה, לאזור נוח יותר לעיבוד. במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ חברות נוער וגרעינים נוספים של 'הצופים', 'הנוער העובד' ועולים מעיראק. בשנות ה-50 בעקבות הפילוג ב'קיבוץ המאוחד' עברו חלק מהחברים לקיבוץ עין דור.
במלחמת השחרור עמד הקיבוץ בהפגזות ובהפצצות קשות של הצבא המצרי.
הקיבוץ נקרא על שם ברל כצנלסון, ששמו העברי היה 'בארי'.