המייסדים הם חברי תנועת 'ברית חלוצים דתיים' (בח"ד) מגרמניה ומצ'כוסלובקיה. לאחר שקיבלו הכשרה בחוות הכשרה בגרמניה עלו ארצה והתארגנו ברודגס ליד פתח תקווה. בשנת 1936 עברו למגד שליד פרדס חנה והקימו את קבוצת 'רמת השומרון'. בשנת 1941 הצטרפו לקבוצה יוצאי 'החלוץ המזרחי' מצ'כיה, קבוצת 'ירושלים' של בח"ד מגרמניה, בוגרי חברות נוער מכפר פינס ומקווה ישראל וקבוצת מעפילים מניצולי 'פטריה'. ב-28 בינואר 1943 עלתה קבוצת חלוץ על הקרקע בנגב הצפוני מערבי בסמוך לעזה. חברי הקבוצה החלו לעבד את הקרקעות ולהקים את מבני הקיבוץ. באותה שנה הצטרפו לקיבוץ חלק מקבוצת 'במישור'. בשנת 1945 הושלמה העברת הקיבוץ מפרדס חנה לבארות יצחק.
לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של הפלמ"ח. במלחמת העצמאות הופגז הקיבוץ במשך 27 ימים רצופים על ידי הצבא המצרי והותקף פעמיים. התוקפים נהדפו, אולם היישוב נחרב ולמגינים נגרמו אבידות כבדות.
בשנת 1949 עברו חברי הקיבוץ למושבה הגרמנית הנטושה וילהלמה בסמוך ללוד. בשנת 1952 קיבלו לרשותם חלק מאדמות המושבה והקימו שם מחדש את היישוב. בשנת 1956 הצטרף לקיבוץ גרעין 'מתנחלים' מתנועת 'בני עקיבא'.
היישוב נקרא על שם הרב יצחק ניסנבוים, מראשי התנועה הציונית דתית בפולין, שנספה בשואה.