בשנת 1965 התפלגה מק"י בשל חילוקי דיעות ביחס לעמדת המפלגה כלפי הלאומיות הערבית במזרח התיכון והמדיניות של גמאל עבד-אל נאצר כלפי ישראל. רוב החברים הערבים של המפלגה וכן קבוצה של חברים יהודים בראשות מאיר וילנר פרשו מהמפלגה. הפורשים דבקו בעמדתה של ברית המועצות, אשר ראתה בנאצר לוחם באימפריאליזם ואת הציונות כאשמה הבלעדית בסכסוך במזרח התיכון. הפורשים הקימו את רק"ח (רשימה קומוניסטית חדשה), ווילנר היה למנהיג המפלגה. רק"ח היתה למפלגה לאומית-ערבית, הן בהתבטאויותיה, הן בהרכב פעיליה והן בקהל המצביעים שלה. מאז הקמתה פירסמה רק"ח את העיתונים 'אל איתיחאד' ו'זו הדרך' וכן הפעילה תנועת נוער משלה.

עד מלחמת ששת הימים התיחסה ברית המועצות באופן שווה לרק"ח ולמק"י. אחרי המלחמה הפכה רק"ח למפלגה המועדפת, מכיוון שמק"י ראתה במלחמה מלחמת מגן, בניגוד לעמדת ברית המועצות. רק"ח, לעומתה, ראתה במלחמה תוקפנות ישראלית ודרשה נסיגה מיידית ללא תנאי מהשטחים הכבושים. לדרישה זו נוספו גם הדרישה להקמת מדינה פלסטינית לצידה של מדינת ישראל ולהכרה באש"ף כנציג העם הפלסטיני. המפלגה שמרה על נאמנות מוחלטת לברית המועצות עד להתפרקותה של המעצמה בראשית שנות ה-90.

רק"ח התמודדה באופן עצמאי בבחירות לכנסות ה-6 עד ה-8. לקראת הבחירות לכנסת ה-9 בשנת 1977 הקימה רק"ח עם חלק מ'הפנתרים השחורים' את חד"ש כשותפות פוליטית יהודית-ערבית ומאז היא מתמודדת בבחירות לכנסת במסגרת זו. בשנות ה-70 הפסיקה מק"י לפעול, ובשנת 1989 שבה רק"ח ואימצה לעצמה שם זה. מאיר וילנר עמד בראש המפלגה כמזכ"ל עד 1990, אז הוחלף על ידי תופיק טובי. קריסת ברית המועצות בתחילת שנות ה-90 גרמה למשבר פוליטי וכלכלי עמוק במפלגה. במפלגה התגבשו שתי קבוצות, האחת בראשותו של וילנר, סברה שבגידת המנהיגים היא הסיבה לקריסת ברית המועצות. הקבוצה השניה, בראשותו של דוד חנין, סברה שהקריסה נבעה מכשלים בסיסיים במבנה המשטר ומחוסר דמוקרטיה. בשנת 1999 הביאו חילוקי הדיעות לפרישת אנשיו של וילנר מהמפלגה. הפורשים הקימו את 'הפורום הקומוניסטי הישראלי'. וילנר עצמו סירב לפרוש מן המפלגה ונותר חבר מק"י עד לפטירתו ביוני 2003.