ב-7 בנובמבר 1925 התכנסה בבית אלפא ועידה ארצית של נציגי ההתישבות הקיבוצית. השתתפו בוועידה נציגים של 26 קבוצות וקיבוצים, 17 פלוגות שישבו במושבים, 7 פלוגות שישבו בערים ו-4 משקי פועלות. המתכנסים החליטו על הקמת תנועה ארצית בשם 'חבר הקבוצות והקיבוצים'.

התארגנות זאת לא החזיקה מעמד זמן רב. במהרה התעוררו בארגון חילוקי דיעות בנוגע למרות הארצית של הארגון על הישובים ובנוגע לאוריינטציה הפוליטית. נושאים אלה העסיקו באותה תקופה את 'גדוד העבודה' והביאו לפילוגו. בשנת 1927 פרשו מהארגון שתי קבוצות של קיבוצים שדגלו במשמעת ארצית חזקה ומחייבת על הישובים. הקבוצה האחת של חברי 'אחדות העבודה' הקימה את 'הקיבוץ המאוחד', ואילו הקבוצה השניה של חברי 'השומר הצעיר' הקימה את 'הקיבוץ הארצי'.

ב'חבר הקבוצות והקיבוצים' נותרו בעיקר קבוצות שלא דגלו בקיומה של מסגרת ארצית מחייבת וריכוזית המנהלת את ישוביה בכוחה של משמעת ארגונית. חברי קבוצות אלה השתייכו למפלגת 'הפועל הצעיר'. בנובמבר 1929 בכנס בגניגר שינה הארגון את שמו ל'חבר הקבוצות'.