ב-13 במאי 1948, במהלך מלחמת העצמאות, נכבש כפר עציון על ידי כוחות הלגיון הערבי. מרבית חברי הקיבוץ נפלו  בקרבות להגנתו ומעטים נישבו. הנשים והילדים שפונו בתחילת הקרבות והגברים שחזרו מאוחר יותר מהשבי, התרכזו בשכונת ג'בליה שביפו. הקבוצה מנתה 64 בוגרים, בהם 33 אלמנות, ו-60 ילדים, בהם 46 יתומים. חברי הקבוצה ביקשו להישאר ביחד ולהקים קיבוץ חדש שישמור על מורשת כפר עציון. במטרה לחזק את הקבוצה הצטרפו אליהם חברי קבוצת 'אחדות', ניצולי שואה מהונגריה ומצ'כיה, שהחזיקו את משק בארות יצחק לאחר שתושביו עברו לוילהלמה. מהמשק הקודם בכפר עציון לא נותרו בעלי מקצוע ורכזי ענפים. הנכס היחידי שנשאר היה ניסיונן של החברות בניהול בית הבראה, ולכן הוחלט להקים את הישוב החדש באדמות הכפר עין ח'וד בכרמל, במקום שהתאים להקמת בית הבראה חדש.

ב-20 באפריל 1950, ביום שבו מלאו שנתיים לנפילת כפר עציון, נערך טקס הנחת אבן הפינה לישוב החדש. השם שנבחר לישוב, 'ניר עציון', ביטא זיכרון והמשכיות לכפר עציון ואת ההאחזות המחודשת באדמה. לאחר הטקס שבו האלמנות מכפר עציון ליפו ואילו אנשי 'אחדות' הם שנשארו במקום כדי לבנות את הישוב. באותה תקופה הגיעו לסוף דרכן שתי קבוצות של 'הקיבוץ הדתי', 'מכורה' שהתיישבה בכפר יעבץ, ו'תחיה' שהתיישבה בחדיד, וחלק מחבריהן הצטרפו לניר עציון.

הקמת הישוב, הלכה והתמשכה והיתה כרוכה בקשיים רבים. התעוררו חילוקי דיעות וסכסוכים בין האלמנות מכפר עציון לבין אנשי 'אחדות' ובסופו של דבר עברו רובן עברו למקומות אחרים, ורק מעטים משרידי כפר עציון התישבו בסופו של דבר בניר עציון.  שורה של פורענויות נוספות נפלו על המתיישבים בראשית דרכם: סערות, שטפונות, בצורת ושריפות, שגרמו לרבים מהם לעזוב. בשנת 1951 הצטרפו לניר עציון חלק מחברי גרעין 'ליאו כהן' מצרפת, אשר קיבלו הכשרה בשדה אליהו. במאי 1952 נפתח בית המרגוע בשנת 1953, לאחר שנשרף צריף חדר האוכל, הועברו הארוחות אל בתי המשפחות. בשלב זה החליטו חברי הקיבוץ להפוך למושב שיתופי. הם הוצאו מתנועת 'הקיבוץ הדתי' ועברו להשתייך לארגון המושבים של 'הפועל המזרחי'. בעקבות השינוי הצטרפו לניר עציון עוזבי קיבוצים דתיים שאורח החיים במושב השיתופי התאים להם יותר. בשנת 1960 עבר בית המרגוע למבנים חדשים. באפריל 1964 הונחה אבן הפינה למרכז זיכרון לגוש עציון. בשנת 2004 נקלע הקיבוץ למשבר כלכלי, אשר בעקבותיו ננקטו צעדי יעול וחיסכון שהובילו לשיפור המצב. בשנת 2006 חזר מושב ניר עציון להשתייך לתנועת 'הקיבוץ הדתי'. המושב מקיים רמת שיתוף  גבוהה יותר מאשר ב'קיבוץ מתחדש'. ב-2 בדצמבר 2010 פונה הישוב מתושביו עקב השריפה הגדולה בכרמל.

כיום מתפרנסים חברי המושב בעיקר מהענפים הבאים: חקלאות (גידולי שדה, מטעי בננות וזיתים, פרחים, רפת, לול), תיירות ושירותים (בית מלון, שירותי הסעדה), מלאכה (נגריה) ועבודות חוץ.