בשנת 1884 הקים יצחק מרדכי לובובסקי במקום חווה חקלאית פרטית שנקראה 'שושנת הירדן'. לובובסקי התקשה להחזיק לבדו בחווה הנידחת ובספטמבר 1890 היא הועברה לקבוצה של בני צפת ועולים מרוסיה אשר הקימו במקום מושבה. 'חובבי ציון' תמכו במתיישבים שסבלו מהתנאים הקשים במקום, ממחלת הקדחת ומהתנכלויות השכנים הבדואים. בשנת 1898 עברה המושבה לחסותה של חברת יק"א שרכשה אדמות נוספות והביאה למקום מתיישבים נוספים. במלחמת העולם הראשונה נערך בסמוך קרב קשה בין הצבא העות'מאני
לצבא הבריטי. המושבה ניזוקה קשות והתושבים נאלצו לעזוב. בשנת 1923 יושבה המושבה מחדש, אך כמעט לא גדלה בשנים הבאות. בשנת 1946 התיישבו במקום חיילים משוחררים מהצבא הבריטי חברי 'ארגון ווג'ווד' שתרמו להרחבתה של המושבה ולפיתוח המשק החקלאי.
לאחר קבלת תוכנית החלוקה באו"ם בנובמבר 1947 החמיר המצב הביטחוני והיישוב סבל מהתנכלויות קשות. הנשים והילדים פונו מהמקום ולאחר הקמת המדינה במאי 1948 נותרו במקום עשרות מגינים. המושבה הופגזה על ידי הסורים וב-5 ביוני 1948 החלה סדרה של התקפות במטרה לכבוש את המושבה ולתפוס ראש גשר מערבית לירדן. ב-10 ביוני לאחר ששה ימי לחימה קשים נכבשה המושבה והמגינים נפלו בשבי והועברו לסוריה למשך 13 חודשים.
בתום המלחמה, ב-20 ביולי 1949, בעקבות חתימת הסכמי שביתת הנשק חזר השטח לשליטה ישראלית, אולם המושבה שנהרסה לחלוטין לא נבנתה מחדש. על אדמותיה הוקמו בשנת 1949 קיבוץ גדות ומושב העובדים. המושב הוקם על גבעה סמוכה, שכונתה 'משלט ירדה', על ידי חיילים משוחררים שלחמו במקום. חלקם היו תושבי צפת ולכן המושב נקרא בתחילה 'בני צפת'. בשנת 1956 עזבו רוב המייסדים את היישוב ובמקומם הובאו עולים מצפון אפריקה. בשלב זה שינה המושב את שמו ל'משמר הירדן' על שמה של המושבה שנחרבה. בשנות ה-70 עבר המושב משבר. חלק מהתושבים עזבו, במקומם נקלטו משפחות של ילידי הארץ והמושב התאושש. התושבים מתפרנסים כיום מחקלאות (מטעים ולולים), מתיירות ומעבודות חוץ.