בשנת 1887 התארגנו 25 משפחות יהודיות מבסרביה במטרה להתיישב בארץ ישראל. הם פנו ל
ברון רוטשילד בבקשה לסיוע והוא התגייס לעזרתם. ב-13 בספטמבר 1888 הוקמה המושבה באדמות שרכש הברון רוטשילד בין הכפרים הערביים קסטינה ובית דראס. המושבה נקראה בתחילה קסטינה, כשמו של הכפר הסמוך, ובמשך שנים רבות היתה נקודת הישוב היהודית הדרומית ביותר בארץ ישראל. המתיישבים סבלו ממצוקה, בידוד, מחסור במים והתנכלויות של השכנים הערבים, ובשנת 1892 נטשו את המקום.
בשנת 1896 קנו
חובבי ציון את האדמות, הקימו את המושבה מחדש וקראו לה באר טוביה. בשנת 1912 הציע ד"ר
ארתור רופין, מנהל
המשרד הארצישראלי, לתגבר את
המושבה בקבוצת חלוצים מאנשי '
הפועל הצעיר', חניכי מקווה ישראל, אשר יזרימו
דם חדש למושבה ויביאו שיטות עבודה מודרניות. הקבוצה התקשתה להחזיק מעמד
במקום וסבלה ממשברים חברתיים וכלכליים
רבים. לאחר 12 שנה עזבו האחרונים מחברי קבוצה זאת את באר טוביה. במאורעות 1929 הותקף היישוב על ידי ערביי מג'דל הסמוכה. לאחר שלושה ימים של התגוננות נגד מאות פורעים פינו הבריטים את התושבים והיישוב נחרב כליל.
בי"א באדר 1930 הוקם היישוב בשלישית כ
מושב עובדים. המייסדים היו חיילים
משוחררים מ
הגדודים העבריים ויוצאי קיבוצים מהצפון אשר בחרו לעבור למושב, רובם מ
מרחביה ומ
כפר גלעדי. היישוב החדש נהנה מסיוע רב של המוסדות המיישבים, והגיע תוך
שנים אחדות לביסוס כלכלי.
במלחמת העולם השניה התגייסו רבים מבני המושב לצבא הבריטי. אחרי
שובם בתום המלחמה, החלה תנופת פיתוח גדולה. ב
מלחמת העצמאות שימש המקום בסיס לכוחות
צה"ל אשר נאבקו בפלישת צבא מצרים. במסגרת מבצע 'חסידה', הונחת ב-1 באפריל 1948 בחשאי בסמוך לבאר טוביה מטוס
מצ'כוסלובקיה, אשר הביא נשק שהיה חיוני לביצועו של מבצע נחשון. במסגרת מבצע 'תינוק', שנערך בימים 19-17 במאי 1948,
פונו ילדים מהיישובים: כפר אוריה, גת, גלאון, כפר מנחם, נגבה וניצנים
לבאר טוביה.
ענף המשק המרכזי בישוב הוא הרפת. ענפי משק נוספים: לולים, מטעים, ירקות, פרחים וגידולי שדה.