בשנת 1952 הוקם גרעין 'הצופים י' על ידי חברי תנועת 'הצופים' מירושלים וחיפה. הגרעין קיבל הכשרה בחצרים. ב-2 בנובמבר 1953 הקים הגרעין היאחזות נח"ל על משלט 86 בסמוך לקו שביתת הנשק עם ירדן. ב-27 ביוני 1954 אוזרחה ההיאחזות והיתה לישוב קבע במסגרת 'איחוד הקבוצות והקיבוצים'.
במהלך השנים הגיעו לקיבוץ מגל עשרים גרעינים מתנועת 'הצופים' בישראל, תשעה גרעינים מתנועת 'החלוץ-למרחב' בארגנטינה, גרעין אחד מתנועת 'החלוץ-למרחב' במכסיקו, חברי קיבוץ בשנת שירות, משפחות צעירות ובודדים מהעיר. רק מעטים מחברי הגרעינים נשארו בקיבוץ ובמשך שנים סבל הקיבוץ ממיעוט חברים והתקשה לבסס אוכלוסיה יציבה. עד מלחמת ששת הימים היה הקיבוץ יישוב ספר. ביום השני למלחמה הופגז הקיבוץ, הופצץ מהאוויר ושני מהמגינים נהרגו.
בעבר התבססה כלכלת הקיבוץ על פרדסי הדרים, מטעי האבוקדו, כותנה וגידולי שדה אחרים. בשנת 1974 הוקם מפעל 'נטפים-מגל' למוצרי השקיה וטיפטוף. המפעל הוא חלק מתאגיד 'נטפים' שנמצא בבעלות משותפת עם קיבוץ חצרים (מאוחר יותר הצטרף קיבוץ יפתח לשותפות) אשר נחשב למפעל הקיבוצי המצליח ביותר. למפעל מקום מרכזי בכלכלת הקיבוץ והוא מקום התעסוקה המרכזי של חברי מגל. בזכות המפעל השתפר מצבו הכלכלי והחברתי של הקיבוץ. בשנת 1977 הוקם חדר האוכל בקיבוץ והיה מעבר ללינה משפחתית.
בסוף שנות ה-90 החלו בקיבוץ תהליכים של הפרטה ושינוי אורחות החיים. כיום הקיבוץ מופרט כמעט לחלוטין. בקיבוץ נבנתה הרחבה קהילתית. כיום ענפי המשק בקיבוץ הם: תעשיה (מפעל 'נטפים-מגל'), חקלאות (מטעי זיתים, שקדים אבוקדו ורימונים; גידולי שדה; לול), שירותים (חדר אוכל, קייטרינג, מוסך) ועסקים קטנים.
