בשנת 1892 רכשה אגודת 'אהבת ציון' מהברון רוטשילד אדמות בגליל העליון. האגודה השתייכה לתנועת חובבי ציון ומרכזה היה בטרנוב שבגליציה. בדצמבר 1898 הגיעו למקום חלק מחברי האגודה, 17 משפחות מגליציה, בעיקר מאזור העיר בוצ'אץ'. בשנתיים הראשונות התגוררו המשפחות בראש פינה בתנאים קשים והקימו את המושבה מחניים, שנקראה על שם עיר מקראית בגלעד. לאחר שהסתיימה בנית הבתים הצטרפו מתיישבים נוספים, בעיקר משפחות מצפת ומטבריה, והחלה העבודה החקלאית. המתיישבים שהיו חסרי הניסיון בעבודה חקלאית התקשו להתמודד עם פגעי הטבע, התנאים הקשים והמחסור במים. הם סבלו מבדידות בנקודה הנידחת וחסרת דרכי הגישה. חובות כספיים ובעיות חברתית העיקו עליהם והסיוע שהתקבל מחובבי ציון בחו"ל, מפקידות הברון ומיק"א היה מצומצם. המצב במושבה הידרדר במהירות ובשנת 1902 היא התפרקה. התושבים עזבו והאדמות חולקו בין איכרי ראש פינה. בבתים התגוררו באופן זמני פועלים ושומרים וכן עובדים בדואים.

בשנים שלאחר מכן עובדו האדמות על ידי איכרי ראש פינה. יק"א ניסתה לישב במקום פועלים שיגדלו טבק, אולם הניסיון נכשל. בשנת 1910 התיישבה במחניים קבוצה של יהודים הרריים מהקווקז  שניסו לפתח משק של רועי צאן. גם נסיון זה נכשל ובשנת 1912 עזבו המתישבים.

בשנת 1916 התיישבה במחניים קבוצת 'פועלי הגליל'. הם השתייכו למפלגת 'פועלי ציון' והיו בעלי נסיון בעבודה חקלאית ובשמירה. מחניים נמצאה על ציר התנועה מדמשק לארץ ישראל ובתקופת מלחמת העולם הראשונה עברו שם כוחות גדולים של הצבא התורכי. המתישבים סבלו מהתנכלויות של התורכים, משוד של סוסים, עגלות ויבולים. חלקם נלקחו לעבודות כפיה בצבא התורכי. בשנת 1922 הפכה הקבוצה למושב עובדים. בשנת 1929 ננטש המושב בשל בעיות חברתיות וחבריו עברו לבאר טוביה, כפר יחזקאל ותל עדשים.

בתקופת מאורעות 1939-1936 הכירו המוסדות המיישבים בחשיבותה של מחניים הנמצאת על צומת דרכים חשוב והחליטו לחדש את הישוב במקום. ב-23 במאי 1939 התישבה במחניים קבוצת 'יודפת', פלוגה של 'הקיבוץ המאוחד', שחבריה יוצאי קיבוצים ואנשי תנועת 'החלוץ' אשר שהו בצפת בשנים 1939-1936. הם הקימו את קיבוץ מחניים במסגרת התיישבות 'חומה ומגדל'.

במלחמת העצמאות נמצא הקיבוץ בקו החזית. הצבא הסורי הפולש הגיע עד למרחק של 3 ק"מ ממחניים, אולם לא הצליח לכבוש את הישוב. תלאות מלחמת העצמאות והפילוג בתנועת 'הקיבוץ המאוחד' גרמו למשבר קשה ולעזיבות רבות. בשנת 1952 התפרק הקיבוץ וחבריו עברו לגבעת השלושה ולגבת.

בספטמבר 1952 יושב הקיבוץ מחדש על ידי גרעין נח"ל של בוגרי 'המחנות העולים' מהקריות, מתל-אביב, מרעננה, מרחובות, מירושלים, מרמת-גן ומפתח תקווה. הגרעין הוקם בשנת 1951 וחבריו קיבלו הכשרה בקיבוצים חפצי-בה, מנרה וחולתה. חברי הגרעין  שיקמו את הקיבוץ והפכו אותו לישוב מבוסס ומשגשג. במהלך השנים נקלטו בקיבוץ גרעינים נוספים בעיקר מ'המחנות העולים', בוגרי חברות נוער, חברים בודדים מהארץ ומחו"ל ועולים מחבר העמים. בשנת 1967 הוקם במחניים מפעל 'דיוק'. בשנת 1988 עבר הקיבוץ ללינה משפחתית. בשנת 2006 עבר הקיבוץ הפרטה כללית והוא מוגדר כיום כ'קיבוץ מתחדש'.  בקיבוץ נבנתה הרחבה קהילתית.

חברי הקיבוץ מתפרנסים כיום מהענפים הבאים: חקלאות (לול, מדגה, רפת, מטעים, פרדס, גידולי שדה), תעשיה ( מפעל 'דיוק אנרגיה' לפרופילי פלדה, מפעל 'דיוק הידראוליקה' לשיפוץ מערכות הנעה לרכב), תיירות (אורחן מחניים), מסחר (תחנת דלק ומרכז מסחרי) ועבודות חוץ.