מייסדי הקיבוץ הם עולים מרוסיה ומפולין, שעלו ארצה רובם בעליה השלישית ומיעוטם בעליה השניה. חלקם השתייכו לתנועת 'השומר' בפולין וחלקם למפלגת 'הפועל הצעיר' בארץ. הקבוצה התארגנה בשנת 1920, התיישבה בסמוך לדגניה ב' ונקראה דגניה ג'. עקב מחסור בקרקעות במקום, עברה הקבוצה לעמק יזרעאל וב-21 באוקטובר 1922 עלתה על הקרקע באדמות הכפר הערבי ג'ינג'ר. בהתאם למסורת דגניה, ראתה עצמה גניגר כ'קבוצה קטנה' והשתייכה ל'חבר הקבוצות'. במהלך השנה הראשונה במקום הצטרפה למייסדים קבוצת 'משמר הוולגה' מרוסיה שישבה בתל צור. המתיישבים עסקו בהכשרת האדמות, בהקמת המשק ובנטיעת חורשה וכרם.
בשנת 1925 הוחלף שם היישוב מג'ינג'ר לגניגר. בשנת 1927 החלה בניית בתי המגורים הראשונים. בשנת 1928 החלה נטיעת יער בלפור בסמוך לקיבוץ. כשפרצו מאורעות 1929 הוקמו ביישוב ביצורים. בשנת 1932 הסתיימה נטיעת יער בלפור, במסגרתה ניטעו במקום כ-400 אלף עצים. בשנת 1933 נקלטה השלמה מתנועת 'גורדוניה' בפולין. בשנים 1935-1934 נקלטו קבוצה של חברי 'החלוץ' מגרמניה וחברת נוער עולה א' מגרמניה. אחרי שפרצו מאורעות 1936 ובוצעו הצתות ביערות ובקו הנפט, התגייסו חברים מהקיבוץ לחיל הנוטרים. בשנת 1937 נקלטה חברת נוער עולה ב'. בשנת 1939 נקלטה חברת נוער עולה ג' מצ'כוסלובקיה.
בתקופת מלחמת העולם השנייה שירתו חברים רבים בצבא הבריטי והקיבוץ סבל ממצוקת כח אדם. בשנת 1942 נקלטה חברת נוער עולה ד' מרומניה. בשנת 1943 נקלטה בקיבוץ קבוצה מ'ילדי טהרן'. בשנת 1944 נקלטה הכשרה של 'מכבי הצעיר' מבולגריה. בשנת 1945 הצטרפה קבוצה מקיבוץ אבוקה שהתפרק. בשנת 1947 נקלטה פלוגת עלייה מארצות הברית וגרעין של ניצולי שואה. במלחמת העצמאות נבנו מקלטים, תעלות וגדרות תיל סביב הקיבוץ. אחרי שנבלמה פלישת 'צבא ההצלה' של קאוקג'י וכוחותיו הורחקו מעמדותיהם לאורך כביש נצרת הוסר האיום מהקיבוץ. בשנת 1948 נקלטו בקיבוץ קבוצת 'אודים' מצ'כוסלובקיה וקבוצת 'בנתיב' של נוער עולה מבולגריה. בשנת 1950 נקלט גרעין א' מארגנטינה וקבוצת ילדים מצפון אפריקה. בהמשך נקלטו גרעינים נוספים מארגנטינה, דרום אפריקה ואוסטרליה וכן גרעין 'שגב' של הנח"ל.
לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של הפלמ"ח.
מקור השם ביישוב התלמודי גנגר (השם נכתב בדרכים נוספות). השם השתמר בשם הכפר הערבי ג'ינג'ר שעל אדמותיו התיישבו ראשוני הקיבוץ.