הגרעין המייסד הוקם בפתח תקווה על ידי שמונים מאנשי פלוגת עין חרוד בשנים 1924-1923. חברי הגרעין היו עולים מרוסיה ומפולין. לגרעין הצטרפה קבוצת 'מעבר', קבוצה קבלנית לעבודות חקלאות, עבודות ציבוריות ובנין, שנוסדה על ידי יוצאי קבוצת 'אחווה'. הקיבוץ עלה על הקרקע ב-1 במאי 1925. מיקומו המקורי של הקיבוץ היה ממערב לפתח תקווה, במקום שנמצא כיום בתוך העיר. כמחצית החברים עבדו בעבודות חוץ ותרמו בכך לכיבוש העבודה העברית בפתח תקווה.
בתום מלחמת העולם השנייה נקלטו חברות נוער רבות של ניצולי שואה. הקיבוץ גדל ומנה בשנת 1950, במלאת לו חצי יובל, כ-900 נפש. העיר פתח תקווה גדלה גם היא והלכה וסגרה על הקיבוץ. לכן, החליטו חברי הקיבוץ לעבור לנזלה באזור ראש העין, שם היו להם אדמות חקלאיות.
בשנת 1952 בעקבות הפילוג ב'קיבוץ המאוחד' חל פילוג גם בגבעת השלושה. הפלג הגדול נשאר ב'קיבוץ המאוחד' והצטרפה אליו קבוצה מחברי מחניים. הפלג השני, עבר ל'איחוד הקבוצות והקיבוצים' והקים בסמוך את קיבוץ עינת, שקלט גם קבוצה מחברי רמת הכובש.
לפני הקמת המדינה התאמנו ועבדו במקום הכשרות של הפלמ"ח. בסליקים שבקיבוץ הוסתר נשק של ה'הגנה'. ב'שבת השחורה' הבריטים פשטו על הקיבוץ וחיפשו נשק.
הקיבוץ נקרא על שמם של שלושה פועלים מפתח תקווה: שמואל שטרייפלר, מנחם גרויליך ואיזיק מרינג, שהוצאו להורג על ידי התורכים בשנת 1916 באשמת שווא של ריגול.