ראשון קיבוצי 'השומר הצעיר' בארץ. המייסדים הם בוגרי התנועה יוצאי פולין וגליציה. חלקם חברי גדוד 'השומר הצעיר א'' ('שומריה'), חלקם חברי קבוצת ביתניה עלית והשאר חברים בודדים שהצטרפו לקבוצה. בשנת 1921, התיישבה הקבוצה ליד קיבוץ יגור, אחרי כן עברה לתל חנן. ב-4 בנובמבר 1922 עלה הקיבוץ על הקרקע במקומו הנוכחי בח'רבת בית אילפא. המתיישבים התמודדו עם קשיי הטבע, המלריה והשכנים העוינים. במקום הוקמה חברת הילדים הראשונה ששבה התחנכו יתומים ואחים צעירים של חלוצים, ילדיהם של חברי הקבוצה וילדים מהקיבוצים השכנים. בשנת 1927 הוקמה תנועת 'הקיבוץ הארצי-השומר הצעיר'. בית אלפא, למרות היותו הקיבוץ הראשון של התנועה, לא הצטרף לתנועה בשל חילוקי דעות אידאולוגיים. בשנות השלושים התגלעו בקיבוץ עימותים פנימיים קשים על רקע אידיאולוגי. בשנת 1940 התפלג הקיבוץ ונערכו חילופי חברים עם קיבוץ רמת יוחנן. אנשי מפא"י מבית אלפא עברו לרמת יוחנן, ואנשי גרעין 'פלנטי' של 'השומר הצעיר' שישבו ברמת יוחנן עברו לבית אלפא. אחרי הפילוג הצטרפה בית אלפא ל'קיבוץ הארצי'.

במאורעות 1929 הותקף הקיבוץ על ידי ערבים מהסביבה. בתקופת מאורעות 1939-1936 סבל היישוב מהתנכלויות של ערביי הסביבה. באותן שנים שימש הקיבוץ נקודת יציאה למקימים של ישובי 'חומה ומגדל' באזור. לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של ה'הגנה'. בתחילת מלחמת העצמאות הותקף הקיבוץ והופגז.

הקיבוץ נקרא על שם היישוב הקדום בית אלפא. השם השתמר בשמו של הכפר הערבי 'ח'רבת בית אילפא' ששכן במקום. מספר שנים לאחר העלייה על הקרקע התגלתה בחפצי-בה הסמוכה, רצפת פסיפס של בית הכנסת של בית אלפא מהמאה ה-6 לספירה.