בשנת 1952, בעקבות הפילוג ב'קיבוץ המאוחד', התפלג קיבוץ אשדות יעקב. אנשי מפא"י הצטרפו לתנועת 'איחוד הקבוצות והקיבוצים', נשארו במקום ושינו את שמם לאשדות יעקב (איחוד). אנשי מפ"ם נשארו בתנועת 'הקיבוץ המאוחד', עברו צפונה והקימו את אשדות יעקב (מאוחד).

במלחמת ההתשה סבל היישוב מהפגזות וממיקוש שדות.

הקיבוץ נקרא על שמו של יעקב ג'יימס רוטשילד, נשיא פיק"א, ועל שם מפל (אשד) בנהר הירמוך הסמוך ליישוב.