בשנת 1935 הוקמה ביגור 'פלוגת הים' של 'הקיבוץ המאוחד'. לפלוגה גוייסו חברים מאשדות יעקב, גבעת ברנר, בית השיטה וקיבוצים נוספים וכן עולים מפולין, גרמניה וארצות נוספות, שקיבלו הכשרה ביגור בשנים 1934-1929. הפלוגה הוקמה במטרה לכבוש את העבודה בנמל חיפה. חבריה התיישבו בתחילה בחולות קרית חיים. חלקם עבדו בנמל ואחרים עבדו בעבודות חוץ אחרות: בתי חרושת במפרץ, ישור חולות, עבודות סבלות בעיר, מחצבות, סלילת כבישים, עבודות ממשלתיות ועוד. קבוצת חברות גדולה עבדה בבית החרושת לאריגה 'אתא'.  החברים עסקו גם בעבודות במקומות מרוחקים יותר: עבודה ושמירה ביערות הכרמל, במחצבה בנצרת, בבציר, במפעל המלח בעתלית, בגדר הצפון, בסלילת כבישים בעמק, בעבודות צבאיות ועוד. במקביל  נבנה בקיבוץ בית בטון והוקמו צריפי מגורים ומפעלי מלאכה עצמאיים: נגריה מכנית שהפכה למספנה, מכבסה, תעשית רשתות דיג, מתפרה, ודיג. בשנת 1938 החלו החברים לעבד את אדמות עיר המפרץ שנחכרו מחברת 'הנוטע'. 

חברי הקיבוץ שאפו להקים ישוב קיבוצי שישלב משק חקלאי, מפעלים ימיים ועבודות נמל. המוסדות המיישבים היקצו להם שטח חולי של 600 דונם על שפת הים דרומית לעכו ו-2,000 דונם נוספים מדרום לכביש עכו-צפת, בחלקו הצפוני של המפרץ. במאי 1939, ימים מספר לאחר פרסום 'הספר הלבן' עלתה הפלוגה למקום התישבותה על חוף הים והקימה במסגרת התיישבות 'חומה ומגדל'  את קיבוץ 'משמר הים'. חלק מהחברים ישב במשמר הים ואילו האחרים המשיכו בעבודתם ב'פלוגת הים'.

המתיישבים התכוונו להקים ישוב על חוף הים עם מעגן סירות ומפעלים ימיים, אולם במשך הזמן התברר שהחוף החולי אינו מתאים להקמת מעגן. קשיים התגלו גם ברכישת ספינות דיג וכשאלו כבר נרכשו, לא היה כח אדם מספיק שיעבוד עליהם. בשנת 1942 הופקע רוב השטח החקלאי של הקיבוץ על ידי הצבא הבריטי לשם הקמת מחנה צבאי. קיבוץ 'משמר הים' נותר ללא קרקע וללא אפשרות לפיתוח חוף הים. לאור הקשיים הוחלט להעביר את הקיבוץ לשטחי המפרץ, לזנוח את הדיג ולהתמקד בחקלאות. הקק"ל העמיד לרשות המתיישבים 1,700 דונם באזור עיר המפרץ לשם עיבוד והקמת נקודה חדשה. ב-18 בספטמבר 1946 עלה הקיבוץ על הקרקע  בנקודה החדשה ובהדרגה עברו לשם כל החברים. המתיישבים עיבדו את הקרקע, גידלו גדולי שדה, נטעו מטע ועבדו בדיר ובלול. עם המעבר שונה שם הקיבוץ ל'אפק' על שם יישוב מקראי ששכן בסמוך.

לפני הקמת המדינה שימש המקום בסיס לאנשי הפו"ש והפלי"ם של הפלמ"ח. במלחמת העצמאות, בינואר 1948, הדפו החברים בעזרת מחלקת פלמ"ח התקפה של כוחות דרוזיים מכיוון שפרעם. כוחות הלגיון הירדני  ישבו  על כביש הגישה לאפק וגרמו לניתוק הקיבוץ מהכביש הראשי. בשל הקרבות פונו הילדים וכמה חברות לקיבוץ גבת. לאחר המלחמה קיבל הקיבוץ אדמות נוספות ונקבעה לו משבצת הקרקע בסך של 6,300 דונם. 

חברי הקיבוץ מתפרנסים בעיקר מחקלאות, תעשיה ותיירות. ענפי המשק החקלאי הם: גדולי שדה, מטעים, רפת, לול ומדגה. מפעלי התעשיה העיקריים הם: 'אסיב' ליצור בדים סרוגים, 'מגו' ליצור מיכשור רפואי ו'חיננית' ליצור בובות וחפצי נוי מבד. במקום פועל 'דרך הכותנה' - מרכז מבקרים המתאר את כל שלבי הכנת הבגד החל מגידול הכותנה, דרך טווית החוטים, הכנת הבד ועד למוצר הסופי.