המייסדים הם עולים מרוסיה חברי תנועת 'השומר-הצעיר', שהקימו ב-2 באוגוסט 1924 את 'קיבוץ השומר הצעיר ס.ס.ס.ר.'. חברי הקבוצה נדדו ועבדו במטעי הטבק בווזיה שליד ראש פינה, בסלילת הכביש יבנאל-בית גן ובהקמת העיר עפולה. במשך הזמן הצטרפו אליהם עולים נוספים מרוסיה. הקבוצה גדלה והתפצלה לפלוגות שעבדו בחיפה, בזכרון יעקב, בתל אביב ובטירה.

בשנת 1927 החלה הקמתה של תחנת הכח בנהריים, שסיפקה מקומות עבודה רבים, וחברי הקבוצה עברו לאזור. בתחילה התרכזו ברפת של כנרת ובשנת 1927 התיישבו בחצר כנרת. החברים עבדו בהקמת התחנה בנהרים וכן בעבודות שונות ביישובי הסביבה.

בשנת 1932 החלה בניית נקודת הקבע באדמות שתרמו  קיבוצי הסביבה. באותה שנה עברו למקום ראשוני החברים, ניטע הפרדס הראשון והונח היסוד לבית החרושת 'קלת', שתחילתו כבית מלאכה לתיבות עץ לשיווק תוצרת חקלאית. בשנת 1934 ניטע הכרם הראשון, הגיעה מגרמניה חברת הנוער הראשונה ובחצר כינרת נפתח גן הילדים הראשון של הקיבוץ. בשנת 1936 הושלמה העברת החברים מחצר כנרת לנקודה באפיקים. הקיבוץ המשיך לגדול בקצב מהיר ובנוסף לחקלאות התפתחו ענפי משק חדשים כגון המוסך והמאפיה.

בתקופת מלחמת העולם השניה גדל מפעל 'קלת' באופן משמעותי. המפעל החל ליצר אריזות לפחי הבנזין עבור הצבא הבריטי במצרים ובשנת 1941 החל ליצר לבידים (דיקטים) שהיו המוצר העיקרי של המפעל במשך שנים. במרוצת הזמן הפך 'קלת' למפעל התעשייתי הגדול והראשון בתנועה הקיבוצית ובשיאו, משנות ה-70 ועד אמצע שנות ה-80, העסיק כ-400 עובדים. כבר משנותיו הראשונות הצטיין הקיבוץ בפעילותו התרבותית ולהופעות החוג הדרמטי של הקיבוץ הגיעו צופים מכל רחבי הארץ. חברי הקיבוץ פעלו בשליחויות חינוכיות ובטחוניות בארץ ובחו"ל. 106 קבוצות נוער וגרעינים קיבלו את הכשרתם בקיבוץ. אפיקים שימש נקודת יציאה להקמת הקיבוצים מסדה ושער הגולן במסגרת התיישבות 'חומה ומגדל'. לפני הקמת המדינה היה במקום בסיס של יחידות פלמ"ח ואחרי הקמת המדינה בסיס ליחידות נח"ל.

מסיבות אידיאולוגיות, ולמרות תנועת האם של המייסדים, בחר הקיבוץ להשתייך לתנועת 'הקיבוץ המאוחד'. בשנת 1951, אחרי הפילוג ב'קיבוץ המאוחד', הצטרף אפיקים ל'איחוד הקבוצות והקיבוצים'. בשנות ה-50 וה-60 היה אפיקים מהקיבוצים הגדולים בישראל. בסוף שנות ה-60 התגוררו בקיבוץ 1500 חברים. בזכות מפעל 'קלת' היה אפיקים מהחזקים והעשירים שבהם.

בשנות ה-80 וה-90 נקלע הקיבוץ למשבר כלכלי, בין השאר בגלל פתיחת שוק הלבידים בישראל ליבוא מתחרה. המשבר הביא לסגירת מפעל 'קלת' בשנת 1999 ולעזיבת חברים רבים. בשנת 2003 עבר הקיבוץ תהליך של הפרטה מלאה ושינוי אורחות החיים. הקיבוץ מוגדר כיום כ'קיבוץ מתחדש' והונהג בו מודל 'רשת ביטחון'. ענפי המשק העיקריים כיום הם: חקלאות (רפת, כלביה, מדגה, מטעי בננות, תמרים ואבוקדו), תעשיה ('צח"ם אפיקים' ליצור מערכות לניהול רפת, 'אפיקים רכב חשמלי' ליצור קלנועיות), תיירות, מסחר ועסקים קטנים. בקיבוץ נבנית הרחבה.