המייסדים הם חברי 'קיבוץ ארצישראלי ב'' של 'השומר הצעיר' וחברי גרעין 'מסד' מפולין. הגרעין הישראלי הוקם בשנת 1935, החל את פעילותו כקומונה ועבר אחרי כן לפתח תקווה. הגרעין הפולני הוקם בשנת 1932. חבריו קיבלו הכשרה בעיר סלונים שבפולין, עלו ארצה בשנת 1936 והמשיכו בהכשרתם בפתח תקווה, ושם התאחדו שני הגרעינים.

ב-24 בנובמבר 1938 עלה הקיבוץ על הקרקע כיישוב 'חומה ומגדל'. היה זה הקיבוץ השני שהוקם בגליל המערבי אחרי חניתה והוא נועד לחזק את האחיזה באזור. בהמשך הצטרפו לקיבוץ גרעינים של ניצולי שואה מפולין: 'הוילנאים' בשנת 1941 ו'נתיב הגאולה' בשנת 1948. בקיבוץ נקלטה גם חברת הנוער 'זית'. בשנים הראשונות סבלו המתיישבים ממחסור בקרקע ועיקר המאמצים הושקעו בהכשרת הקרקע בעבודה ידנית ובעזרת כלים פשוטים.

לפני מלחמת העצמאות שימש קיבוץ אילון בסיס לפלוגה ב' של הפלמ"ח. במלחמת העצמאות היה היישוב מנותק משאר הארץ במשך כחצי שנה עד לשיחרור האזור במבצע 'בן עמי'.

בשנת 2000 עבר הקיבוץ הפרטה. בשנת 2006 החל איכלוסה של שכונת ההרחבה. הקיבוץ ושכונת ההרחבה חברים באגודה קהילתית אחת בשם 'חורש איילון'.