הקיבוץ הוקם על ידי גרעין הצופים א', הגרעין ההתיישבותי הראשון של תנועת 'הצופים' שעד אז ראתה עצמה כתנועה שמחנכת לערכים לאומיים ואישיים בלבד. בעת הקמת הגרעין הפכה הגשמת ערכים אלה מזוהה עם ההתישבות הקיבוצית ובעקבות גרעין הצופים א' הוקמו גרעינים נוספים שהקימו בהמשך את הקיבוצים בארי, חצרים, פלמחים ועוד.

גרעין הצופים א' הוקם ביוני 1941 במעיין חרוד על ידי חברי 'הצופים' בוגרי הגימנסיה 'הרצליה' בתל-אביב ו'בית הספר הריאלי' בחיפה. חברי הגרעין קיבלו הכשרה בקיבוצים דגניה א', דגניה ב', בית השיטה, גניגר, גבת ואיילת השחר. בקיץ 1942 יצא הגרעין לעצמאות והתיישב במחנה של הסוכנות בפרדס חנה. במקביל לעבודה בפרדסים ובמשקי הבית בפרדס חנה החלו חברי הקבוצה שמנתה לפתח משק שכלל פרה, עדר צאן קטן, לול ועוד. במהלך  שהותה בפרדס חנה התאחדה עם קבוצה גדולה של בוגרי חברות נוער גרמניה ומאוסטריה  אשר התחנכו במוסד עלית הנוער בתלפיות שבירושלים.  בהשפעת המצטרפים  החדשים אשר ואחרי כן קיבלו הכשרה בעין גב אימצה הקבוצה המאוחדת את חלום חידוש הדיג העברי בים ושאפה להקים קיבוץ ימי. החברים החלו להכשיר עצמם בדיג מכמורת ואף רכשו ספינה אחת.

 עד סוף מלחמת העולם השנייה שהו חברי הקבוצה בפרדס חנה. חלק מהם גויסו לשירות בבריגדה, בפלמ"ח לפלוגות העבודה של 'הקיבוץ המאוחד'. חלק מהחברים יצאו לעבודה במפעלי האשלג בסדום, בקיבוצים אחרים ובמפעלי התעש המחתרתיים. לאחר הצטרפות הקבוצה לתנועת 'הקיבוץ המאוחד' החלו מגעים עם הגופים המיישבים והוצע לקבוצה להתיישב בסמוך לים, באדמות כבארה שבבעלות פיק"א.

בתום המלחמה, על פי בקשת מטה ה'הגנה', נדחתה העליה על הקרקע ובתחילת 1946 התיישבו חברי הקבוצה באופן זמני בגבעת הקיבוצים שברחובות. בגבעה נחפר באותה עת בור ענק, ובתוכו נבנה 'מכון איילון', מפעל סודי של התעש ליצור תחמושת (כדורי תשעה מילימטר). הקיבוץ שהוקם במקום שימש מסווה לבית החרושת וחברי הקיבוץ ניהלו חיים כפולים. מעל הקרקע התנהלו חיי קיבוץ שגרתיים  ופעל משק קיבוצי שכלל רפת, לול, נגריה, מסגריה, מאפיה ומכבסה. מתחת לקרקע בסודיות מוחלטת פעל המפעל שבו עבדו כשלושים מחברי הקיבוץ ואיתם אנשי מקצוע מתעש. הפעילות הבמפעל התנהלה תחת איום כפול: של גילוי בידי הבריטים ושל תאונות עבודה. במהלך השהות ברחובות, הואטה הצמיחה החברתית של הקיבוץ והורשו להצטרף אליו רק חברים שעברו את ביקורת הש"י של ה'הגנה': חברי פלמ"ח, ימאים ועולים יוצאי התנועה. באוגוסט 1947 הצטרפה לקיבוץ הכשרת 'רגבים' יגור-חפציבה של הפלמ"ח אשר חבריה השתלבו בפעילות במכון איילון. במהלך תקופה זאת נמשכה העבודה בדיג ונרכשה ספינה נוספת.

עם פרוץ מלחמת העצמאות נטלו חברי הקיבוץ חלק במאמץ המלחמתי באמצעות התגייסות לכוחות הלוחמים והגברת מאמצי הייצור בבית החרושת. אחרי הקמת המדינה, בקיץ 1948, הועבר הייצור למפעלי התעש החדשים.

ב-25 באוגוסט 1949 עלו ראשוני החברים על הקרקע באדמות כבארה לצריפים שהוקמו בנגריה ברחובות. השם 'מעגן מיכאל' ניתן לישוב כדי לסמל את הקשר לדיג ועל  שמו של מיכאל פולק, מראשי חברת פיק"א בעלת האדמות. השנים הראשונות במקום התאפיינו בתנופת משקית גדולה: הלול והרפת הועברו מרחובות, נחפרו בריכות דגים, ניטעו מטעים וגידולי שדה. חברי הקיבוץ המשיכו לעבוד על שתי ספינות הדיג של הקיבוץ עד לסגירתו של ענף הדיג בשנות ה-60. בשנת 1964 הוקם מפעל 'פלסאון' שהיה ליצרן מוביל בתחום הפלסטיק בארץ ומהווה מרכיב מרכזי בכלכלת הקיבוץ. בשנת 1976 הוקם מפעל 'צורון' ליצור חלקי מתכת מדויקים. בשנת 1998 הוקמה 'מדן סחר' המספקת ציוד לחקלאות מים. בשנת 1999 הוקם 'מעגן התפלה', מפעל להתפלת מים.
 
כיום ענפי המשק העיקריים הם: תעשייה( מפעל 'פלסאון' למוצרי פלסטיקה להובלת מים וגז, מוצרים לענף הלול ומוצרי סניטציה); מפעל 'צורון' ליצור חלקי מתכת בצריבה פוטוכימית ואלקטרופורמינג), חקלאות (מדגה, לול, רפת, גידולי שדה, מטעי בננות וגידולים סובטרופיים,  דגי נוי) ועסקים קטנים.

במהלך השנים נקלטו במעגן מיכאל חברות נוער, שרבים מבין בוגריהן נשארו בקיבוץ, גרעין 'החותרים' של 'הנוער העובד' ועולים בוגרי האולפן לעברית שבקיבוץ. כיום מונה הקיבוץ קרוב ל-1,700 נפש והוא אחד הקיבוצים הגדולים והמבוססים בתנועה הקיבוצית. מעגן מיכאל ממשיך להתנהל כקיבוץ שיתופי ונעשו בו הפרטות מינוריות בלבד.