מטרת החוות הלאומיות היתה להכשיר עובדים חקלאים מיומנים ולשמור על אדמות הלאום. הן הוקמו כחלק מיוזמותיו של ארתור רופין, שעמד בראש המשרד הארצישראלי.

חוות אלו סיפקו מקומות עבודה לפועלים והכשירו אותם מבחינה מקצועית לעבודה בחקלאות לקראת התיישבותם העתידית. ניהול החווה והדרכת הפועלים נעשה על-ידי אגרונום מומחה, שעבודתו מומנה אף היא על ידי המשרד הארצישראלי. הצעירים והצעירות שהוכשרו בחוות הלאומיות התארגנו בקומונות (קבוצות שיתופיות), בהשפעת הרעיונות הסוציאליסטיים של התקופה ובמטרה להתמודד בכוחות משותפים עם הקשיים: העבודה הקשה, השכר הנמוך, האקלים הקשה, מחלת הקדחת והתנכלויות של בדואים. חברי הקומונה ניהלו קופה משותפת, מטבח משותף ומכבסה משותפת.

החווה הלאומית הראשונה, שהוקמה, היתה חוות כנרת (1908), אחריה הוקמו החוות בבן שמן (1908) ובחולדה (1909). זמן קצר לאחר תחילת פעילותן של החוות הלאומיות פרצו בהן סיכסוכים בין הפועלים למנהליהם, בעיקר על רקע שאיפתם של הפועלים לעבודה עברית ורצונם לנהל עבודתם בעצמם. רופין גילה אהדה כלפי הפועלים ותמך בשאיפתם להשפיע על דרכן של החוות. בשנת 1909 בעקבות הסיכסוך בין הפועלים בחוות כינרת לאגרונום ברמן, העביר רופין את חלקה המזרחי של חוות כנרת (אדמות אום ג'וני) לקבוצת פועלים בתנאים של ניהול עצמי ועבודה עצמית למשך שנת ניסיון. הצלחתה של קבוצת הפועלים הזו לסיים את השנה החקלאית ברווח, הביאה להקמתה של דגניה ולפריצת דרך בתולדות ההתיישבות השיתופית בארץ.