המושב הוקם ב-1 באוגוסט 1933 כחלק מתוכנית 'התיישבות האלף'. במסגרת תוכנית זו הוקמו מושבים חקלאיים קטנים מסביב ליישובים הגדולים והמבוססים. מושבים אלה נועדו לספק פתרונות דיור ופרנסה לפועלים שעבדו במושבות וכן, כלקח ממאורעות 1929, לסייע בהגנה על הישובים הגדולים מפני פורעים ערביים. מושב גבתון הוקם ממערב לרחובות במטרה להגן עליה מפני הכפרים הערביים הסמוכים זרנוגה (כיום שכונת קרית משה ברחובות) וקוביבה (כיום כפר גבירול).
על פי החלטת קק"ל נקרא המושב גיבתון כשמה של עיר מקראית בנחלת
שבט דן (יהושע י"ט, מ"ד), עיר מתקופת המשנה וציפור שיר. על פי גירסה
נוספת, משמעות השם 'גבתון' היא גבעה קטנה, והשם נגזר משמו של הכפר הערבי הסמוך קוביבה
(בערבית - גבעה קטנה).
המושב נבנה בצורת האות ח', שפתוחה לכיוון העיר רחובות. בהתאם לאסטרטגיה שהיתה מקובלת אז, על הגבול
המערבי, לכיוון היישובים הערביים, ניטעו פרדסים, אחריהם הוקמו הרפתות והלולים
ולבסוף הבתים. צפונית ליישוב, לכיוון רחובות, ניטעו פרדסים בלבד. במרכזו של הישוב הוקם הבית הציבורי, אשר נבנה מלכתחילה כמבצר לעיתות מצוקה. חלונות המבנה היו גבוהים, כדי למנוע פגיעות ירי בשוכני הבית, וכן נבנתה קומת גג כפולה עם חרכי ירי. קומת הגג שימשה להגנה, לצפייה ולאיתות. על הגג
הוצב זרקור שאיפשר להאיר כל נקודה ובית בכפר. במקרה של התקפה ערבית, אמורים היו התושבים כולם להתכנס במבנה ועל גגו. בבית הציבורי של שנות השלושים היו הרדיו היחידי ביישוב והעיתון היחיד.
במקום נערכו ישיבות הכפר, אסיפות, מסיבות ואזכרות לנופלים. בצידו האחורי של
המבנה הייתה צרכניה שעליה הגן קיר בטון. בצרכניה רכשו התושבים מוצרים
וב'יצרניה', ששכנה גם היא באותו מבנה, שיווקו את מרכולתם (ביצים
וחלב) לתנובה.
בגבתון שכנה תחנה של נוטרים. בצמוד למבנה המחלבה של המושב נבנה מחסן נשק בריטי, שנועד לשמש את הנוטרים בעיתות מצוקה. הנשק שבמחסן זה שימש את אנשי ה'הגנה'
לאימונים. בסליק הסודי של המושב הוסתרו כלי נשק נוספים. במהלך מאורעות 1939-1936 נבנו במושב חמש עמדות בטון, שלוש לכיוון מערב אל מול הכפרים הערביים, אחת
בצפון ואחת בדרום. בחורף 1939 חדרה
כנופיה ערבית מאזור הכפר זרנוגה ורצחה ארבעה בני משפחה אחת.
בגבתון מתגוררים כיום כ-300 תושבים. אושרה תוכנית פיתוח שתאפשר הגדלת האוכלוסייה עד ל-900 תושבים. בעבר התפרנסו התושבים מחקלאות: מפרדסים, רפתות, לולים ומטעי פרי. כיום המשקים החקלאים אינם פעילים, אולם הפרדסים עדיין מספקים פרנסה לחלק מתושבי המושב.
