המושב בית יצחק-שער חפר, הוא איחוד של ארבעה יישובים סמוכים שעלו על הקרקע בשנים 1941-1940.
בית יצחק הוקם על ידי עולים מגרמניה בני המעמד הבינוני. ב-23 במרץ 1940 עלו המתיישבים על הקרקע והחלו בבניית הבתים. במשך הזמן הוקמו מגדל המים (שעד היום מהווה את סמלו של הכפר), מכולת, גן ילדים ועוד. הוקמה אגודה חקלאית מקומית וועד מקומי שטיפל בענינים המוניציפליים. היישוב נקרא על שמו של יצחק פוירינג, ציוני מגרמניה, שאדמות הכפר נרכשו
בכספי עזבונו. התושבים התפרנסו מחקלאות: גידול עופות, רפתות, ירקות ומטעים.
ב-15 בינואר 1940 הוקם בסמוך לבית יצחק המושב גן חפר. המושב הוקם על ידי אגודת 'בני בנימין', ארגון של בני המושבות שעסק ברכישת אדמות והקמת מושבות. המתיישבים היו משפחות של ילידי הארץ, דור שני לאיכרים מפתח תקווה, יסוד המעלה, נתניה ועוד.
בגן חפר, בסמוך לבית יצחק, נותרו כמה בתים לא גמורים. חברת 'רסקו' אירגנה בצ'כיה קבוצה של 37 משפחות מהמעמד הבינוני ורכשה עבורם את הבתים. בינואר 1940 התיישבו משפחות העולים בבתים אלו והקימו אגודה שיתופית חקלאית וועד מקומי. הכפר החדש נקרא שער חפר מכיוון שנמצא בפתחו של עמק חפר.
בשטח הלא מיושב שבין בית יצחק לשער חפר הוקם מושב נוסף בשם נירה. המתיישבים היו עולים מצ'כוסלובקיה אשר רצו להקים מושב שיתופי שיתבסס על שטחי חקלאות משותפים, תעשיה ומשקי עזר. בסוף שנת 1940 החלה בנית מפעל לאריגים ובתי מגורים ל-19 משפחות המייסדים. למקום הגיעו חמישה חניכים של עלית הנוער אשר הכשירו גינות ירק קטנות ליד הבתים עבור המתיישבים. ב-14 בינואר 1941 עלו המתיישבים על הקרקע. למושב היתה אגודה חקלאית משותפת עם כפר ידידיה וועד מקומי עצמאי.
במהרה החל שיתוף פעולה בין ארבעת הישובים הסמוכים שהתבטא בעזרה הדדית ובגידולים חקלאיים משותפים. תוך זמן קצר התאחדו גן חפר ושער חפר, והישוב המאוחד נקרא שער חפר.
בנובמבר 1943 התאחדו האגודות החקלאיות של בית יצחק ושער חפר. הוועדים המקומיים של הכפרים המשיכו להיות נפרדים. אחרי מלחמת העצמאות סופחו לבית יצחק שטחים של הכפר הערבי אום-חאלד שננטש בעקבות המלחמה. בשנת 1951 התאחד מושב נירה עם שער חפר והפסיק להתקיים כישוב עצמאי. השותפות עם כפר ידידיה התפרקה והעניינים הכלכליים נוהלו באמצעות האגודה השיתופית בית יצחק-שער חפר.
עם תום מלחמת העולם השניה הוקמו בבית יצחק 6 צריפים לקליטת עולים משארית הפליטה ומארצות ערב. בתקופת העליה ההמונית של ראשית שנות ה-50 הוחלט להרחיב את הישוב. נבנו 70 נחלות נוספות שבהן נקלטו משפחות של עולים מאירופה, פרס ועיראק וגם ילידי
הארץ. הנחלות השתייכו בחלקן לבית יצחק ובחלקן לשער חפר המתיישבים החדשים עסקו בחקלאות ובתעשיות נלוות (יצור ריבות וגבינות) והשתמשו בשירותיה של האגודה החקלאית המשותפת.
עם הרחבת הכפר נוצר צורך בהקמת יחידות שאינן חקלאיות. במזרח הכפר הוקם 'שיכון' של 80 משקי עזר שבהם נקלטו חיילים משוחררים בני הכפר
ועולים מארצות שונות. בית יצחק היה לכפר מעורב שבו רק חלק מהתושבים הם בעלי משקים וחברים באגודה החקלאית השיתופית. הישוב הוכרז כמועצה מקומית עצמאית בעוד שבשער חפר המשיך לפעול ועד מקומי במסגרת המועצה האזורית עמק חפר. למרות יחסי השכנות הטובים והאגודה החקלאית המשותפת, התנהלו החיים החברתיים והמוניציפליים בבית יצחק ובשער חפר בנפרד. כל ישוב שמר על יחודו, החזיק במוסדות משלו (בית עם, צרכניה, מרפאה, בית דואר וכו') וקיים אירועים חברתיים בנפרד.
בשנת 1963 ביטל משרד הפנים את המועצה המקומית בית יצחק והמושב צורף למועצה האזורית עמק חפר. בשנת 1972 אוחדו המושבים בית יצחק ושער חפר והיו למושב בשם בית יצחק-שער חפר.
בשנות ה-70 נבנתה הרחבת של 17 יחידות דיור עבור בני המקום. בשנים האחרונות נבנתה הרחבה נוספת ובה 150 יחידות דיור. כיום מונה המושב בית יצחק-שער חפר 680 משפחות.
