ציבור הפועלים בעליה הראשונה לא היה מאוגד. יתר על כן, הוא לא ראה את עצמו כתנועה פועלית בעלת מטרות משל עצמה ויעדים משותפים. פועלים אלו ראו בעצם היותם פועלים שלב ראשון במסגרת חתירתם להתיישבות חקלאית עצמאית. נסיונות התאגדותם, כמו גם הקמתה של 'הסתדרות הפועלים' בשנת 1896, נועדו בעיקרם להגן על זכויותיהם כשכירים, לאפשר להם להתארגן במסגרת של מטבחים משותפים כדי להוזיל את עלות מחייתם, לסייע באיתור מקומות עבודה ואף לקדם את שאיפתם להתיישב במסגרת של איכרות זעירה.

עם זאת, התוו הנסיונות הללו כיוונים ראשונים לעתיד: הרצון להתיישב ולהתפרנס מעבודה חקלאית, הנסיונות, שכשלו אמנם, לקיים מערכת שיתופית ולו זמנית, הנסיונות לעמוד על זכויותיהם של הפועלים היהודיים, כל אלה זכו להמשך והרחבה בעליות הבאות, במסגרת תנועת העבודה.

בשנת 1899 החליטו הפועלים במושבות להקים 'הסתדרות פועלים'. הסתדרות זו ערכה מפקד של כל הפועלים בארץ ישראל, ובו  נמצא כי במושבות יהודה, הגליל ושומרון גרים 524 פועלים, מהם 160 עובדי קבע ביקבים בראשון לציון ובזכרון יעקב והשאר פועלי חקלאיים שכירי יום. נציגי ההסתדרות ביקרו בכל המושבות וערכו אסיפות פועלים שבהן נבחרו נציגיהם. אחרי כן ערכה, לראשונה בתולדות הישוב,  ועידה כללית של העובדים בארץ. 

בעקבות העברת מושבות הברון לניהולה של חברת יק"א, איבדו מאות פועלים יהודים את עבודתם.