'האיחוד החקלאי' הוקם בשנת 1944 במטרה לטפח ולארגן את השיתוף בין חבריו ולקדם את הכפרים ותושביהם בכל רחבי הארץ. הגרעין של הארגון הם הכפרים השיתופיים שהוקמו בשנות ה-30 על ידי עולי גרמניה. ישובים אלה הוקמו על אדמות פרטיות שרכשו עולים בני המעמד הבינוני. העקרונות שאיפיינו יישובים אלה היו: א. קואופרציה בהספקה ובשיווק. ב. עזרה הדדית וסיוע לנזקקים. ג.. בחירה חופשית של כל חבר בענף ייצור לפי הבנתו וזיקתו האישית. ד. ארגון של חיי חברה ותרבות. זרמי ההתישבות הוותיקים - 'התאחדות האיכרים' ו'תנועת המושבים' היו בעלי מאפיינים משקיים ופוליטיים אשר לא התאימו לכפרים השיתופיים. לכן התארגנו הכפרים בשנות ה-40 במסגרת 'ארגון הכפרים השיתופיים' ו'מועצת החקלאות הפרטית'. בשנת 1944 התאחדו שני גופים אלה והקימו את 'האיחוד החקלאי'. מאז הקמתו 'האיחוד החקלאי' הוא התארגנות עצמאית שאינה קשורה למפלגה כלשהי.

לאחר קום המדינה הורחבו הישובים הקיימים של התנועה והרכב האוכלוסיה השתנה. לאוכלוסיה ההומוגנית של עולי גרמניה נוספו עולים חדשים (וכן וותיקים) מאירופה, מצפון אפריקה ומתפוצות נוספות. 'האיחוד החקלאי' הקים ישובים חדשים בכל אזורי הארץ ושורותיה של התנועה התרחבו בקצב מהיר יחסית. גם ישובים ותיקים, כגון יסוד המעלה, אילניה (סג'רה), מנחמיה, מגדל ואחרים, הצטרפו לתנועה והשתלבו בה היטב. בזכות הגמישות הרעיונית של התנועה בהכללת צורות התיישבות שונות - החל מכפרים שיתופיים, מושבים שיתופיים, אגודות חקלאיות לצורותיהן השונות, וכלה בישובים קהילתיים - הפכה התנועה אבן שואבת למועמדים להתיישבות ממקורות שונים: עולים חדשים, יוצאי קיבוצים ומושבי עובדים, ניצולי שואה ומתישבים בודדים במסגרת מבצעי 'מן העיר אל הכפר' ו'מן האניה אל הכפר'. בתחילה עסקו ישובי התנועה בעיקר בגידול פרי הדר ליצוא. בהמשך התרחב מגוון הגידולים ובסוף שנות ה-60 גבר חלקם של מוצרים אחרים: ירקות, פרחים, כותנה, פירות ועוד. בחלק מהישובים פותחו גם מפעלי תעשיה. בשנות ה-70 הוחלט להציב בראש סדר העדיפויות התישבות באזורים דלים באוכלוסיה יהודית. מאחר ואזורים אלה כוללים בעיקר את אזורי ההר, יהודה ושומרון והגליל, שבהם יש מחסור במים ובקרקע לצרכי חקלאות, הוקם בהם משק מסוג חדש - כפר תעשייתי - ישוב קהילתי המבוסס בעיקר על תעסוקה בתחומי התעשיה והתיירות.

כיום מונה 'האיחוד החקלאי' כ-70 ישובים וצורות התארגנות אחרות בכל רחבי הארץ, החל מנווה אטי"ב שליד החרמון ועד נאות הכיכר שבערבה. 'האיחוד החקלאי' הקים שורה של מפעלים כלכליים שנועדו לשרת את האגודות השיתופיות החברות בו, כגון: חברת 'הספקה', ארגון הקניות 'גדרות', אגודת השיווק 'טנא', חברת 'טנא-בוטנים', אגודת הביטוח 'עוז', קרן לחקלאות שיתופית, קרן הפנסיה 'עמית' ועוד. האגודות השיתופיות של 'האיחוד החקלאי' מסונפות לברית הפיקוח 'בחן'. בשנת 1978 החלה פעילות של תנועת הנוער של 'האיחוד החקלאי' במסגרת החינוך הבלתי פורמלי בישובים. בשנת 1987 קיבלה תנועת הנוער הכרה ממלכתית ממשרד החינוך ותרבות והתקבלה כחברה במועצת תנועות הנוער בישראל. 'האיחוד החקלאי' הוציא לאור בשנים 1985-1940 את הירחון 'המשק החקלאי', שעסק בעיקר בנושאים הקשורים למשק החקלאי המשפחתי הזעיר.