משפטי פראג נערכו בשלהי 1952 בפראג, בירת צ'כוסלובקיה. המשפטים נערכו בהשראתו של סטלין, ונועדו לחזק את שליטתו בארצות הגוש הקומוניסטי. במשפט הראשון נשפטו ארבעה עשר מבכירי השלטון הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה, אשר נאסרו כמעט שנה קודם ועברו סידרה של עינויים פיסיים ונפשיים. אחד עשר מהאסורים היו יהודים, בהם האסיר הבולט ביותר, רודולף סלנסקי, מזכיר המפלגה הקומוניסטית של צ'כוסלובקיה וסגן ראש הממשלה. המשפט נקרא גם 'משפט סלנסקי' על שם הנאשם העיקרי.

המשפט נפתח ב־20 בנובמבר 1952 ונוהל על ידי הרשויות הצ'כוסלובקיות, בהתאם להוראות ממוסקבה. במשפט שררה אווירה אנטישמית ואנטי ישראלית. סלנסקי וחבריו הואשמו ב'קשר טרוצקיסטי־טיטואיסטי־ציוני בשירות האימפריאליזם האמריקני'. בהשפעת העינויים הודה סלנסקי כי היה סוכן ציוני וריגל לטובת המערב. המשפט הסתיים כעבור שבוע. כל הנאשמים הודו באשמה ואחד עשר מהם, בהם סלנסקי, נידונו למוות. ב־3 בדצמבר הוצא גזר הדין אל הפועל.

בסתיו 1951 נעצר בפראג, בדרכו חזרה מקונגרס האיגודים המקצועיים הפרו-קומוניסטים בברלין המזרחית, מרדכי אורן, מראשי 'הקיבוץ הארצי-השומר הצעיר'. שמעון אורנשטיין, הנספח המסחרי לשעבר בנציגות ישראל בפראג, נעצר אף הוא כשהגיע לפראג כתייר. שני הישראלים נחקרו ועונו במטרה להוציא מהם הודאות נגד סלנסקי והאחרים. במשפט פראג השני הואשמו אורן ואורנשטיין בריגול לטובת ישראל וארצות הברית. שניהם נמצאו אשמים. אורן נידון ל-15 שנות מאסר ואורנשטיין - למאסר עולם. השגריר הישראלי בפראג, אריה קובובי, הוכרז כ'אישיות לא רצויה' ונדרש לעזוב את צ'כוסלובקיה. בסופו של דבר שוחרר אורנשטיין בשנת 1954, ואילו אורן - בשנת 1956.

האנטישמיות הברורה במשפטי פראג, השתלבה בגילויים של אנטישמיות ואנטי-ישראליות במדינות הגוש המזרחי וגרמה לסערה גדולה בישראל ולזעזועים קשים בתנועת 'השומר הצעיר' ובמפ"ם. חטיבת 'לאחדות העבודה' במפ"ם הסתייגה מההתרחשויות בפראג. אנשי האגף השמאלי (בראשות משה סנה, יעקב ריפתין ואלעזר פרי) הצדיקו את המשפטים ואת תוצאותיהם. בתחילה נטו אנשי 'השומר הצעיר' בראשות מאיר יערי, יעקב חזן להשלים עם ההליכים בפראג, תוך הבעת אמון בצדקתו האישית של חברם אורן. אך תוך זמן קצר השתנה יחסם להסתייגות מוחלטת ממשפטי פראג. חילוקי הדיעות במפ"ם בנושא הובילו להרחקת סנה ואנשיו ממפ"ם ולפילוג במפלגה בקיץ 1954.

.