האגף לארגון ולמועצות פועלים בוועד הפועל של ההסתדרות הכללית מחליט על הקמת מועצת פועלים או ועד פועלים מקומי, כשלב מוקדם להקמת מועצת פועלים. האגף קובע את תחום שיפוטה של מועצת הפועלים. הרכב מועצה חדשה נקבע (עד לבחירות) בהתאם לתוצאות הבחירות לוועידת ההסתדרות. המועצה או הוועד המקומי נתונים לפיקוח של הוועד הפועל באמצעות האגף לארגון ולמועצות פועלים. האגף אחראי לנושאי התקציבים של מועצות הפועלים, לקביעת תקנים לעובדים חדשים ומסייע לשיתוף ותיאום בינן לבין ההתישבות העובדת.

הוועד הפועל קובע את מבנה המוסדות של מועצת הפועלים, את סדרי הנוהל ואת התקנון שלה. הוועידה המקומית נבחרת אחת לארבע שנים בבחירות יחסיות על ידי חברי ההסתדרות בתחום שיפוטה של מועצת הפועלים, במקביל לבחירות לוועידת ההסתדרות ולוועידת נעמת. הוועידה המקומית בוחרת במליאת מועצת הפועלים בבחירות יחסיות, בהתאם ליחסי הכוחות בוועידה המקומית. המליאה בוחרת במזכירות ובמזכיר.

כל מועצה מקימה ועדות ציבוריות שעוקבות אחר פעילותן של המחלקות ויחידות הביצוע, כגון: ועדה לארגון, ועדה להכשרה מקצועית, ועדה לפיקוח על קופת חולים וכו'. הרכב הוועדות נקבע לפי הרכב מליאת המועצה. גם המזכירות מקימה ועדות מבין חבריה: ועדת מנגנון, ועדת גיזברות וכו'. בכל מועצה פועלת ועדת כספים שבה משתתפים גם נציגי האופוזיציה. מועצת פועלים רשאית להקים בתחום שיפוטה מועצת משנה, באישור אגף הארגון. הרכב מועצת המשנה נקבע לפי יחסי הכוחות במועצת האם. מועצת המשנה יכולה לפתח פעילות מקומית בתחומים שונים ולהנות משרותים כלליים של מועצת האם. נושאי האיגוד המקצועי מתנהלים על ידי מועצת האם בתיאום עם מועצת המשנה. מועצת פועלים יכולה להקים סניפים ברשות עירונית, באזור או בשכונה. הסניף אחראי על פעולותיו בפני מועצת הפועלים אליה הוא שייך והוא נתון למרותה ולפיקוחה. בכל סניף פועלים ועד מקומי וועדות ציבוריות אשר עוסקות בעיקר בפעולות תרבות וחברה.

מועצת הפועלים מרכזות את עבודת האיגוד המקצועי במישור המקומי ועוסקת בארגון העובדים, בהגנה על תנאי עבודתם וזכויותיהם הסוציאליות, בהקמת אגודות מקצועיות וועדי עובדים, בחתימה על הסכמי עבודה עם מעבידים מקומיים ובפיקוח עליהם, בהשגחה על ביצוע הסכמי עבודה קיבוציים, בטיפול בסכסוכי עבודה, בטיפול בבעיות פריון עבודה והקמת מועצות יצור, ביזום פעולות לפיתוח מקורות תעסוקה, בקליטת עליה. מועצת הפועלים פועלת גם בתחומי העזרה ההדדית, קליטת עליה, השיכון, החינוך וההשכלה, התרבות, הספורט, תנועות הנוער, נעמת ובפעולות נוספות לשיפור מצבם הכלכלי, החברתי והתרבותי של העובדים בתחום שיפוטה.