ועידת ההסתדרות נבחרת אחת לארבע שנים על ידי חברי ההסתדרות הכללית. הוועידה מתכנסת ובוחרת את מועצת ההסתדרות. מועצת ההסתדרות בוחרת את הוועד הפועל, בהתאם ליחסי הכוחות בין הסיעות במועצה. הוועד הפועל משמש כמוסד המינהלי העליון של הסתדרות. כל מוסדות ההסתדרות ומפעליה נתונים לפיקוח ולמרות של הוועד הפועל (פרט למוסדות הביקורת והמשפט שהם בעלי מעמד עצמאי). הוועד הפועל בוחר את המזכיר הכללי (מזכ"ל) של ההסתדרות ואת הוועדה המרכזת, אשר משמשת כמזכירות הפעילה של הוועד הפועל ואשר מנהלת את העבודה השוטפת של ההסתדרות.

הוועדה המרכזת קובעת את מועדי הישיבות של הוועד הפועל ואת הנושאים שיועלו לדיון בישיבות. ניתן לכנס ישיבות של הוועד הפועל גם לפי דרישה של רבע מחברי הוועד. מזכ"ל ההסתדרות, שהוא גם יו"ר הוועד הפועל, מנהל את הישיבות. הוועדה המרכזת מעלה נושאים לדיון בישיבות הוועד הפועל, לרוב נושאים עקרוניים, כגון: 'עסקות חבילה' עם הממשלה, תוספות יוקר, המבנה הארגוני והתיפקוד של מחלקות הוועד הפועל. חברי הוועד הפועל יכולים גם הם להעלות לדיון נושאים בעלי חשיבות ציבורית או פוליטית. הוועד הפועל קובע את סדר היום של ועידת ההסתדרות ושל מועצותיה, בוחר את הוועדה המכינה של הוועידה, מחליט על השתתפות ההסתדרות בארגוני עובדים בינלאומיים ועל הפעילות המדינית של ההסתדרות.

הוועד הפועל משמש גם כמינהלת חברת העובדים, האחראית על ניהול המשק ההסתדרותי. מינהלת חברת העובדים בוחרת במזכירות חברת העובדים, אשר בוחרת ועדה מנהלת, שעוסקת בניהול השוטף של חברת העובדים.

במקביל לשינוי שמה של ההסתדרות ל'הסתדרות העובדים הכללית החדשה' בשנת 1994, הוחלפו שמו של הוועד הפועל ל'בית נבחרי ההסתדרות' ושמה של הוועדה המרכזת ל'הנהגת ההסתדרות'.