התנועה הוקמה בשנת 1929 בירושלים על ידי יחיאל אליאש וחברים נוספים שביקשו להקים תנועת נוער דתית פעילה. התנועה נקראה על שמו של ר' עקיבא, תלמיד חכם, רועה צאן ופועל ולוחם לאומי, שסימל בדמותו את רעיון 'תורה ועבודה' שמנחה את התנועה. הרב הראשי אברהם יצחק הכהן קוק היה מנהיגה הרוחני של התנועה. בהמשך הפכה 'בני עקיבא' לתנועת הנוער של הסתדרות הפועל המזרחי.

עד הקמת המדינה חונכו חברי התנועה להגשמה בדרך של התיישבות בקיבוץ. החניכים יצאו למחנות עבודה בישובי 'הקיבוץ הדתי', הקימו גרעיני הכשרה, השלימו קיבוצים של 'הקיבוץ הדתי' או הקימו קיבוצים חדשים. אחרי הקמת המדינה הצטרפו גרעיני התנועה לנח"ל ובמסגרת זו הקימו קיבוצים ומושבים.

בשנת 1940 הוקמה בכפר הרוא"ה הישיבה הראשונה של התנועה, ובעקבותיה הוקמה רשת של ישיבות תיכוניות ואולפנות לבנות. משנות ה-50 החלה התנועה להדגיש מלבד ערך העבודה גם את החשיבות של לימוד תורה במוסדות התנועה וכן היא מחנכת ליעדים לאומיים כללים. בהתאם לכך עבר הדגש משירות צבאי בנח"ל לשירות במסגרת ישיבות הסדר או שירות צבאי מלא (לבנים) ולשירות לאומי (לבנות). תחום ההגשמה בשנים האחרונות מתבטא גם בפעילות חינוכית וחברתית ובקליטת עליה.

בשנת 1954 התאגדו סניפי 'בני עקיבא' ברחבי העולם במסגרת תנועת בני עקיבא העולמית. כיום (2007) מונה התנועה בארץ כ-75,000 חניכים שפעילים במסגרת 350 סניפים בכל רחבי הארץ. התנועה העולמית מונה עשרות אלפי חברים ב-25 מדינות.