בשנת 1903 הציע שר המושבות הבריטי ג'וזף צ'מברליין לבנימין זאב הרצל ליישב יהודים בחבל ארץ באוגנדה, שהיה אז תחת שלטון בריטי. התכנית הוצעה זמן קצר לאחר פרעות קישינב ולאחר כשלון מאמציו של הרצל לקבל מהשולטן התורכי צ'ארטר להתישבות יהודים בארץ ישראל. הרצל הציג את התוכנית בקונגרס הציוני הששי בשנת 1903 כפתרון זמני לבעית היהודים במזרח אירופה שמצוקתם החמירה באותה תקופה. הרצל הדגיש שמדובר ב'מקלט לילה' ושאוגנדה אינה תחליף לארץ ישראל. ההצעה עוררה סערה גדולה בקונגרס. המתנגדים, ברובם חברי התנועה הציונית ברוסיה, ראו בתכנית התכחשות לרעיון הציוני ובגידה בארץ ישראל. התומכים בתכנית ראו בה פתרון אפשרי לבעייתם המיידית של המוני יהודים ופתח למשא ומתן עתידי על התישבות בארץ ישראל. ברוב קולות הוחלט לשלוח לאוגנדה משלחת מומחים שתבדוק את האפשרות להתישב שם.

הוויכוח בתנועה הציונית נמשך לאחר הקונגרס. לנוכח סכנת הפילוג, כינס הרצל באפריל 1904 את הוועד הפועל הציוני הגדול לוועידת פיוס. בוועידה זו שב הרצל וטען שלא סטה מתוכנית באזל ושכל התוכניות האחרות נועדו לשמש פתרון זמני בלבד. הוועידה הסתימה בנימה של פיוס. כעבור חודשים אחדים הרצל נפטר. בקונגרס הציוני השביעי בשנת 1905 הוצג דו"ח שלילי של משלחת המומחים לגבי האפשרויות להתיישב באוגנדה. הקונגרס החליט לדחות את תכנית אוגנדה וקיבל החלטה שלפיה רשאית ההסתדרות הציונית לעסוק בהתיישבות בארץ ישראל בלבד.