הסתדרות פועלי השומרון הוקמה בשנת 1916 בשוני. על אדמות אום אל עלק, בסמוך לזכרון יעקב. באותה עת עבדה במקום קבוצת פועלים מאנשי העלייה השניה ועימם גם כמה מבני האיכרים שהשתייכו ל'גדעונים'. קבוצת פועלים זו לא נותרה במקום כקבוצה משך זמן רב. עם-זאת איזור השומרון כלל גם פועלים מכרכור, גן-שמואל, זכרון יעקב וסביבתה. המנהיג המרכזי מבין פועלי השרון היה דוד רמז. הסתדרות זו ארגנה בשנות המלחמה האחרונות את עבודתם של הפועלים רב כריתת יערות בשומרון עבור הממשל התורכי שכרם של הפועלים שולם במזומן, דבר שאיפשר להקים עבורם מחסן מכולת משותף. פועלי המושבות, אשכנזים ותימנים רכשו מניות שהוציא המוסד הזה והמחסן היה קונה בעיקר חיטים ומוכר אותם לנצרכים. בסיוע המחסן נפתח במושבה זכרון גם מטבח פועלים.

למעשה ניתן לקבוע כי על יסודו של מחסן זה הוקם בהמשך 'המשביר'. בקיץ 1916 הוברר כי מצבם של הפועלים ביהודה הנו קשה ושורר ביניהם רעב, ביזמת מאיר רוטברג החליטה קבוצת כינרת למכור את עודפי היבול שלה לפועלי יהודה במחירים נמוכים. לאחר מועצה שקיימו פועלי הגליל בדגניה הוחלט על הקמתו של מוסד שיסדיר את העברת החיטה מן הגליל ליהודה. על פי הצעתו של ברל כצנלסון הוחלט לקרוא לו 'המשביר'. המשביר נוסד כחברת מניות ועסק בקניית החיטה מן הגרנות ומחירתה לפועלים במחירי עלות. כל משקי הפועלים נתבעו למכור את תוצרתם רק דרך המשביר. בשנת 1917 התאחד 'המשביר 'עם המחסן בשומרון והוקמו הסניפים הראשונים למכירת תוצרתו בדרום.

בשנות המלחמה הקשות השכיל הציבור הפועלי בשטחי ארץ ישראל השונים לשמור על ערבות הדדית, הן במסגרת הסתדרויות הפועלים האיזוריות והן במסגרות החדשות שהוקמו : 'המשביר' ו'קופת החולים', שהיו שתיהן מאבני הבנין הראשונות בדרך לאיחוד תנועת העבודה הארץ-ישראלית.

בשנת 1919 הצטרפו הפועלים שהשתייכו להסתדרות זו להסתדרות החקלאית, שפעלה במסגרת אחדות העבודה . הפועלים שהשתייכו ל'פועל הצעיר' הצטרפו ל'ועדה החקלאית' שהקימה מפלגה זו, שסרבה להצטרף לאיחוד הפועלים במסגרת 'אחדות העבודה'.

עם הקמתה של ההסתדרות הכללית נכללו שתי המסגרות החקלאיות הללו כחטיבה מקצועית אחת בתוכה.