ראשית מאבקם של הפועלים החקלאיים בחוות הלאומיות שימש כזרז להקמתן של הסתדרויות הפועלים החקלאיות הראשונות. אחד הגורמים להקמתה של הסתדרות הפועלים בגליל היתה שביתת הפועלים שפרצה בחוות כינרת בחורף 1911. הסיכסוך שפרץ בין ציבור הפועלים, בהנהגתו של ברל כצנלסון לבין מנהל החווה, האגרונום ברמן, בנושא תנאי מגוריהם הקשים של הפועלים הסתיים בפיטוריו של ברמן ובפיטוריהם של הפועלים השובתים. גורם נוסף היו עבודות ההכנה שנערכו לקראת הקמתו של ישוב שיתופי לפי תכניתו של פראנץ אופנהיימר.
באפריל 1911 התכנסו פועלי הגליל באום-ג'וני (לימים דגניה) לוועידה ראשונה, אשרבה נבחר ועד פועלי הגליל. בין חברי הוועד היו ברל כצנלסון ואליעזר שוחט. בוועידה נדונו בעיות ארגון והיחס לתכנית הישוב השיתופי.
הוועידה השניה התכנסה בינואר 1912 בכינרת. בוועידה הוכרז על הקמת הסתדרות הפועלים החקלאיים בגליל ונערכו דיונים בנושאים הקשורים לעבודה: כיבוש העבודה במושבות, תנאי המחיה של הפועלים בחוות, בעיית נדידתם של הפועלים. בוועידה נערך דיון בבעיית התיישבותם העצמית של הפועלים, כחלק ממאבקו המעמדי של הפועל. בוועידה הוחלט על תקנון ההסתדרות ונבחר ועד המרכזי, שבו היו חברים יוסף בוסל ישראל גלעדי ואליעזר יפה, שהיה לדמות המרכזית בהסתדרות פועלי הגליל מאז.
הוועידה השלישית נערכה בסג'רה באפריל 1912 והוקדשה בעיקר לנושאי ארגון ומשמעת הסתדרותית. הוועידה הרביעית נערכה בכינרת באפריל 1913 והוקדשה גם היא בעיקר לשאלות ארגון. בוועידה החמישית, שנערכה בפוריה בשנת 1914, עמד נושא התיישבות הפועלים במרכז הדיונים. היתה זו הוועידה האחרונה שהתקיימה בגליל לפני פרוץ מלחמת העולם הראשונה. במסגרתה התקבלו מספר החלטות בעלות חשיבות רבה להמשך דרכה של תנועת הפועלים בארץ:
א. מלחמתה בנדידתם של הפועלים בין מקומות העבודה. תופעה זאת פוגעת בהשתרשותם במקום ובמקצוע ופוגעת בדרישה לעבודה עברית.
ב. אימוץ רעיון העבודה הקבלנית בחקלאות.
ג. הפצת רעיון הקבוצה בין הפועלים.
ד. קבלת הרעיון של מושב העובדים.
ה. קבלת הרעיון של מושבי פועלים (משקי עזר).
ו. הקמת קופת חולים.
ז. הקמת קופת מלווה לחברי ההסתדרות.
הוועידה הששית התכנסה בכנרת בשנת 1915 ועסקה בעיקר בעניני העבודה התרבותית. נקבע שיש לדאוג למורים להנחלת הלשון העברית בריכוזי הפועלים ונבחרה ועדת תרבות מרכזית. עם חברי הוועדה נמנו ברל כצנלסון, רחל כצנלסון ויצחק טבנקין.
עם החמרת המצב בארץ ישראל בעקבות המלחמה, הלכו והצטמצמו פעולותיה של הסתדרות זו. הפעילות התחדשה בשנת 1919 עם הקמתה של הסתדרות הפועלים החקלאיים כארגון ארצי של הפועלים החקלאיים בארץ ישראל. במסגרת זאת פעלו חברי אחדות העבודה. חברי 'הפועל הצעיר' שסירבו להצטרף להסתדרות החקלאית הקימו ארגון משלהם שכונה 'הוועדה החקלאית'. עם הקמתה של ההסתדרות הכללית בשנת 1920 נכללו המסגרות החקלאיות כמסגרת מקצועית בתוכה.