'הספר הלבן' שפרסמה ממשלת בריטניה ב-17 במאי 1939 גרם למשבר חמור ביחסים בין התנועה הציונית והישוב בארץ ישראל לבין ממשלת בריטניה. ההגבלות שהוטלו על העליה היהודית ורכישת הקרקעות בידי יהודים ותוכניתה של בריטניה להקים בארץ ישראל מדינה, שתשקף את יחסי הכוחות הדמוגרפיים, נתפסו כהתנערות של בריטניה ממחויבותה לתנועה הציונית. ב-28 בפברואר 1940 פרסמה ממשלת בריטניה את חוק הקרקעות שהטיל מגבלות קשות על רכישת אדמה בידי יהודים ברוב שטחי הארץ. הישוב היהודי הגיב בהפגנות המוניות ומנהיגו דוד בן-גוריון הכריז כי הציונות תלחם כנגד מדיניות 'הספר הלבן' של בריטניה. תחילתו של המאבק התבטאה בהגברת העליה הבלתי ליגאלית, בהעלאה מזורזת של ישובי 'חומה ומגדל' על הקרקע ובפגיעות במתקנים בריטיים.
עם פרוץ מלחמת העולם השניה ב-1 בספטמבר 1939 החליטו המוסדות הלאומיים למתן את המאבק ולסייע לבריטים במאבקם בגרמניה הנאצית. אלפים מבני ישוב התנדבו לצבא הבריטי, וה'הגנה' שיתפה פעולה עם הצבא הבריטי במאבק נגד ממשל וישי בסוריה ולבנון ובהיערכות לקראת פלישה גרמנית אפשרית לארץ ישראל. בניגוד ל'הגנה', ארגוני המחתרת האחרים, הלח"י והאצ"ל (מ-1943) המשיכו במאבק החמוש בבריטים.
בתום מלחמת העולם השניה במאי 1945 ציפה היישוב היהודי לשינוי במדיניות הבריטית בשאלת ארץ ישראל בעקבות שואת יהודי
אירופה והסיוע של
הישוב היהודי למאמץ המלחמתי. משנכזבו התקוות הוחלט על חידוש המאבק בבריטים. מקום מרכזי במאבק זה הוטל על ה'הגנה'. המאבק המחודש התנהל בעיקר בארבעה תחומים:
א. מאבק על העליה: בעקבות סירובה של בריטניה להרשות את עלייתה של שארית הפליטה,
אירגן המוסד לעליה ב' של ה'הגנה' מבצעי העפלה
בהיקף גדול מעבר לכל מה שנעשה קודם לכן. ממשלת בריטניה עשתה מאמצים גדולים באירופה, בארץ ישראל ובים שנועדו למנוע את המשך ההעפלה. התנועה הציונית וה'הגנה' ארגנו הפגנות מחאה בארץ וברחבי העולם; המוסד לעליה ב' נקט בדרכים שונות שמטרתן להערים על ההסגר הבריטי ולאפשר את המשך העליה בדרכים שונות; בוצעו גם פעולות חמושות יזומות, כמו שחרור בכוח הנשק של מעפילים שנעצרו, חבלה בספינות גירוש בריטיות, בתחנות משטרה
ובמתקני מכ"ם ששמשו לאיתור ספינות מעפילים.
ב. מאבק על ההתיישבות: למרות מאמצי הבריטים, נמשכה רכישת הקרקעות באזורי הארץ השונים ועשרות יישובים יהודיים חדשים עלו על הקרקע בניגוד
לחוק ובאזורים האסורים על פיו. ה'הגנה'
היא שתכננה את פעולות העלייה על הקרקע ונשאה באחריות הביצוע.
ג. המאבק על
השגת נשק, ייצורו והחזקתו: במשך כל תקופת המנדט הבריטי נעשו ניסיונות
לפרק את היישוב מנשקו, כדי למנוע קיומו של כוח יהודי חמוש ועצמאי. בשנות ה-40, עם החרפת המאבק בבריטים, הגבירו השלטונות את מאמציהם לגילוי הנשק המוסתר. למרות תקנות חדשות ומחמירות לשעת-חירום שפרסמו שלטונות המנדט בינואר 1946 נמשך המאבק, ונמשכו הפעולות להשגת נשק, להחזקתו ולאימון בו.
ד. פגיעה במוסדות השלטון הבריטי: פגיעה במתקני צבא, משטרה ותשתית במסגרת פעולות גמול על מעשי הבריטים. תחום זה של המאבק נגד הבריטים היה
שנוי במחלוקת בקרב הציבור היהודי בארץ ובעולם.
באוקטובר 1945 הוקמה 'תנועת המרי העברי' כמסגרת משותפת של תנועות המרי בארץ ישראל - ה'הגנה', האצ"ל והלח"י. שיתוף הפעולה התבטא בתיאום
הפעולות הצבאיות כנגד הבריטים ובפיקוח של ועדה מיוחדת מטעם המוסדות הלאומיים על הפעולות. במסגרת תנועת המרי בוצעו הפעולות הבאות: שיחרור מעפילים ממחנה המעצר הבריטי בעתלית על ידי הפלמ"ח;
התקפות על מטרות בריטיות, בהן: בסיסי המשטרה הבריטית, תחנות מכ"ם
בריטיות ששימשו לאיתור ספינות מעפילים על-ידי הפלמ"ח
והחי"ש; פגיעה במטוסים ובשדות תעופה בריטיים, וכן במבני משטרה בירושלים
וביפו על ידי האצ"ל והלח"י. ביוני 1946 הותקפה הרכבת בשלושה מקומות על ידי
האצ"ל והלח"י, והפלמ"ח פוצץ במקביל
11 גשרים ששימשו מעבר אל עבר מדינות שכנות.
הבריטים הגיבו בתקיפות על פעולותיה של תנועת המרי ופעילותם כוונה בעיקר נגד ה'הגנה' והפלמ"ח. ב'שבת השחורה' (ה-29 ביוני 1946), פשטו אלפי חיילים בריטים על עשרות קיבוצים, מוסדות של הישוב ומבני ציבור בערים, ערכו חיפושים נרחבים, עצרו כ-3,000 יהודים, בהם חלק ניכר מהנהגת הישוב, החרימו נשק ומסמכים, וגרמו לנזק רב. בעקבות ארועים אלה החליטה ההנהגה הציונית על הפסקה זמנית של המאבק המזוין. האצ"ל לא ציית להחלטה וב-22 ליולי 1946 פוצץ את האגף הדרומי של מלון 'המלך דוד' בירושלים. התוצאות הקשות של הפעולה הביאה לקיצו של שיתוף הפעולה במסגרת תנועת המרי.
באוגוסט 1946 קיבלה הנהלת הסוכנות שהתכנסה בפאריס החלטה על הפסקת המאבק
החמוש בבריטים, לבד מן הנחוץ במסגרת המאבק להמשך ההעפלה. עיקר המאבק
הועתק לתחום הפוליטי וכוון להשגת תמיכה בינלאומית בהקמתה של מדינה יהודית
כמו כן הוגברו מאמצי ההתישבות, במטרה להשפיע על גבולותיה העתידיים של
המדינה במסגרת ההכרעה הצפויה בשאלת ארץ ישראל.
ה'הגנה'
והפלמ"ח צייתו להחלטה הסוכנות, אולם האצ"ל והלח"י, שלא ראו עצמם כפופים
למרות המוסדות הלאומיים, המשיכו במאבק החמוש במהלך השנים 1947-1946, שכלל
בנוסף לפגיעה במטרות בריטיות גם פגיעה בחיילים, קצינים ואנשי משטרה
בריטיים.
בשנת 1947, בהשפעת המאבק, על מרכיביו
השונים, החליטה ממשלת בריטניה להעביר אל האו"ם את האחריות להסדר גורלה המדיני של ארץ ישראל. האו"ם הקים ועדת חקירה מטעמו לשאלת ארץ ישראל (ועדת אונסקו"פ), אשר המליצה על סיום המנדט הבריטי וחלוקת ארץ ישראל המנדטורית לשלושה חלקים: מדינה יהודית (62% מן השטח); מדינה ערבית (38% מן השטח) ואזור נפרד בפיקוח בינלאומי בירושלים. ב-29 לנובמבר 1947 התקבלה באו"ם החלטה בדבר חלוקתה של ארץ ישראל לשתי מדינות: יהודית וערבית ובינאום ירושלים. החלטה זו נדחתה על-ידי הערבים ויום לאחר קבלתה פרצה מלחמת העצמאות.