במחצית השניה של יוני 1946 החריפה תנועת המרי העברי את פעולותיה. בליל ה-17/16 ביוני ביצע הפלמ"ח ביצע את המבצע הגדול ביותר שלו - 'ליל הגשרים' - שבו הותקפו 11 גשרים שעליהם עברו כבישים ומסילות ברזל למדינות השכנות. למחרת תקף הלח"י את בתי המלאכה של הרכבת בחיפה והאצ"ל חטף 5 קצינים בריטיים כבני ערובה. הבריטים החליטו להגיב ביד קשה, לשבור את כוחו של הישוב, בעיקר את ה'הגנה' והפלמ"ח, ולאסור את מנהיגי הישוב האקטיביסטים, בתקווה שיוחלפו על ידי מנהיגים מתונים יותר. הוחלט להוציא לפועל מבצע רחב היקף שבמסגרתו יתפסו הכוחות הבריטיים נשק בלתי חוקי ויאסרו מנהיגים, מפקדי 'הגנה' וחברי פלמ"ח. מידע על המבצע הגיע לשירות הידיעות (ש"י) של ה'הגנה' ובזכותו הספיק הארגון להיערך למבצע. חלק מהמבוקשים הסתתרו, נשק הועבר למקומות מסתור ומסמכים הושמדו.

בשבת, ה-29 ביוני החל המבצע, שכונה על ידי הבריטים מבצע 'אגאתה' ועל ידי הישוב היהודי - 'השבת השחורה'. במבצע השתתפו רבבות חיילים בריטים ביניהם חיילי דיוויזיית הצנחנים ה-6 וכ-15 אלף שוטרים בריטים וערבים. עם שחר נחסמו גבולות הארץ והושבתו מרכזיות הטלפון ששירתו את הישובים העבריים. הוטל עוצר על ירושלים, תל אביב, חיפה וערים נוספות. 27 ישובים הוקפו ונעשו בהם חיפושים אלימים. בירושלים נתפסו בנייני הסוכנות היהודית על ידי כוחות צבא ומשטרה והוחרמו כמויות גדולות של מסמכים, במטרה להוכיח קיומם של קשרים בין מוסדות הישוב ל'הגנה' ולתנועת המרי. נערכו חיפושים מדוקדקים במשרדי הוועד הפועל של ההסתדרות בתל-אביב, במשרדי העיתון 'דבר', בבנק הפועלים ובמוסדות ציבור נוספים. נאסרו חברי הנהלת הסוכנות שהיו מזוהים עם הקו האקטיביסטי: משה שרת, יצחק גרינבוים, הרב יהודה לייב פישמן-מימון, דב יוסף ודוד רמז. דוד בן-גוריון, מנהיג הישוב, שהה אז באירופה וניצל ממאסר. משה סנה, ראש המפקדה הארצית של ה'הגנה', ובכירי הארגון האחרים הצליחו גם הם לחמוק מהמאסר. בכל היישובים גילו התושבים התנגדות פסיבית לחיפושים. בשני קיבוצים - עין חרוד ותל יוסף - פתחו הבריטים באש ממנה נהרגו שלושה אנשים. במהלך החיפושים גרמו הכוחות הבריטיים להרס רב ולנזקים גדולים לרכוש. כ-2,700 איש נעצרו ביישובים ונלקחו למחנות מעצר בעתלית ובלטרון, רובם הועברו לרפיח. רוב חברי הפלמ"ח הצליחו להתחמק ורק 200 איש מהם נעצרו. בקיבוץ יגור התגלה 'סליק' אזורי של ה'הגנה' ובו כמויות גדולות של נשק ותחמושת. בקיבוץ מזרע, שבו שכן מטה הפלמ"ח, נתפסו תעודות וכרטסת עם שמות חברי הפלמ"ח, שהיתה כתובה בצופן שאותו לא הצליחו הבריטים לפענח.

השפעתו של המבצע מוגבלת למדי. כוחם של ה'הגנה' ושל הפלמ"ח לא נשבר, אם כי מעצרם המתמשך של אלפים מבין חברי המשקים הכביד על ניהול החיים ביישובים. לאחר למעלה מחודש וחצי הוחל בשחרורם, מבלי שהבריטים הצליחו לזהות את מפקדי ה'הגנה' וחברי הפלמ"ח שביניהם. הישוב התאחד סביב מנהיגיו ולא התבססה הנהגה חלופית מתונה.

הדיעות בהנהגת הישוב בנושא המשך המאבק המזויין היו חלוקות. מפקדת תנועת המרי העברי, בראשותו של משה סנה, ביקשה להמשיך במאבק ותכננה פעולות נוספות נגד הבריטים בתגובה ל'שבת השחורה'. בראש המתנגדים להמשך המאבק ניצב חיים ויצמן, נשיא ההסתדרות הציונית. הוא דרש להימנע מפעולות התקפיות עד לקבלת החלטה בנושא בכינוס של הנהלת הסוכנות היהודית בפאריס ואף איים להתפטר אם לא תכובד בקשתו. ועדת X, האחראית מטעם המוסדות הלאומיים על תנועת המרי, דנה בנושא והחליטה לעכב זמנית את המשך הפעולות האלימות נגד הבריטים. סנה הורה לאנשי ה'הגנה', האצ"ל והלח"י להשהות את הפעולות המתוכננות, והתפטר מתפקידו לאות מחאה.