הקונגרס היהודי-אמריקאי נוסד ב- 1918, לאחר סיום מלחמת העולם הראשונה. עד אותה עת יצוג היהודים בפני השלטונות האמריקאים היה בידי 'הועד היהודי האמריקאי'. הועד נשלט על ידי מהגרים יהודים ותיקים יוצאי גרמניה, שהתנגדו לשיתוף היהודים, שהגיעו לארה"ב מרוסיה בגל ההגירה הגדול בראשית המאה העשרים. עם סיום המלחמה היה צורך בהרכבת משלחת יהודית, שתקח חלק בהסכמי השלום בורסאי. המטרה של המשלחת הזו היתה לדאוג ליהודים באירופה בתוך הסדר המדיני, שעמד להיווצר באירופה לאחר המלחמה.

הצורך במשלחת מיצגת יצר מחלוקת בין המהגרים היהודים הותיקים לחדשים. בסופו של דבר נכנעו יוצאי גרמניה הותיקים לדרישה להרכיב משלחת מאוזנת. מכיוון שכך, נוצר הצורך במנגון דמוקרטי ולכן הוקם קונגרס, שמטרתו היתה לרכז את כל הנציגויות היהודיות, ולייצגן באמצעות משלחת מאוזנת. הוועד קבע, כי הקונגרס יתפזר לאחר ועידת השלום, אך לא כך היה בסופו של דבר.

ב- 1922 התכנסו האיגודיים הציוניים והתומכים בהם במטרה לארגן מחדש את הקונגרס היהודי-אמריקאי. הוחלט כי הקונגרס לא יצטמצם בטיפול בתוצאות המלחמה ובמאבק על זכויות היהודים ברחבי העולם, אלא יפעל ויטפל גם באופן נרחב בענייני היהדות האמריקאית.

למן הקמתו של הקונגרס היהודי-אמריקאי נקבע כי ההשתתפות בו תהא על בסיס וולונטרי. בבחירות הראשונות השתתפו בו 350,000 קהילות יהודיות אמריקאיות.
אישים מרכזיים שהובילו אותו עם הקמתו היו: לואיס דמביץ ברנדייס, סטפן ס. וייס וגולדה מאיר.