ב-21 בינואר 1968 התאחדו מפא"י, אחדות העבודה-פועלי ציון, ורפ"י והקימו את מפלגת העבודה הישראלית. האיחוד היווה מעין שיקום של מפא"י ההסטורית עם מפלגות שהתפלגו ממנה במהלך השנים. דוד בן-גוריון וחלק מאנשי רפ"י לא הצטרפו לאיחוד והקימו את 'הרשימה הממלכתית'. הקמתה של מפלגת העבודה התבצעה בסופו של תהליך ממושך של התקרבות המפלגות הציוניות הסוציאליסטיות שהושלם לאחר מלחמת ששת הימים.
במפלגה המאוחדת נקבעה חלוקת כוחות ביחס של 57% לאנשי מפא"י ו-21.5% לנציגי כל אחת משתי המפלגות האחרות. מזכירת מפא"י, גולדה מאיר, מונתה למזכירת מפלגת העבודה, ומזכירי שתי המפלגות האחרות - לסגניה. עם הקמתה היתה מפלגת העבודה למפלגה הגדולה ביותר שהתקיימה אי פעם בארץ (54 מנדטים). בשנים הראשונות המשיכו המפלגות שהתאחדו לפעול כחטיבות במסגרת מפלגת העבודה. במהלך השנים פחתו הניגודים בין החטיבות והן בוטלו.
מפלגת העבודה ניסחה עם הקמתה את אמנת היסוד שלה, שבה הצהירה על כוונתה
לחתור 'להשגת היעדים הלאומיים, החברתיים, והחלוציים של מדינת ישראל ועם
ישראל... ברוח מורשת העם היהודי, חזון הציונות הסוציאליסטית וערכי תנועת
העבודה'. המפלגה הצהירה על מחויבותה הערכית, הפוליטית והארגונית להתיישבות
העובדת ולהסתדרות הכללית.
בשנת 1969 הגדירה המפלגה את המצע המדיני שלה, שבמרכזו נכונות לפשרה טריטוריאלית, התנגדות לשיבה לגבולות הקו הירוק, חתירה להשגת 'גבולות ביטחון אסטרטגיים', שמירה על ירושלים מאוחדת בריבונות ישראלית, התנגדות להקמת מדינה פלסטינית ממערב לירדן ולמשא ומתן עם אש"ף. מאז הקמתה של המפלגה התנהלו עימותים בין אנשי האגף 'היוני' והאגף 'הניצי' במפלגה שניסו למשוך את המפלגה לכיוון שלהם. במהלך השנים התחזק האגף 'היוני' במפלגה ובשנות ה-90 בוטלו ההתנגדות לקיום מגעים עם אש"ף ולהקמת מדינה פלסטינית. גם המצע הכלכלי של המפלגה, שהיה בתחילה בעל אופי סוציאל דמוקרטי הפך במהלך השנים לליברלי יותר. בשנת 1992 הובעה במצע המפלגה תמיכה בקיומו של משק מעורב-תחרותי, שבו יפעלו כל המגזרים (הפרטי, הממשלתי, הציבורי וההסתדרותי) על בסיס כלכלי-עסקי, ללא אפליה ועם שוויון הזדמנויות לכל. עם זאת, המשיכה המפלגה להיות חברה באינטרנציונל הסוציאליסטי.
ב-19 בינואר 1969 חברו מפלגת העבודה ומפ"ם והקימו את 'המערך'. בשנים 1977-1968 היתה מפלגת העבודה, כשותפה הבכירה ב'מערך', מפלגת השלטון. מנהיגיה עמדו בראש ממשלות ישראל (לוי אשכול בשנים 1969-1968, גולדה מאיר בשנים 1974-1969 ויצחק רבין בשנים 1977-1974). נציגיה החזיקו בכל תפקידי השרים הבכירים, בתפקיד יושב ראש הכנסת, בראשות ההנהלה הציונית ובראשות מרבית הרשויות
המקומיות.
מעמדה של המפלגה בציבור נפגע קשות בעקבות מלחמת יום הכיפורים. קשיים כלכליים ופוליטיים,
שביתות והשבתות, סכסוכים פנימיים במפלגת העבודה ופרשיות שחיתות דירדרו את מצבה של המפלגה. בשנת 1977 התפטר רבין מהנהגת מפלגת העבודה בעקבות גילוי חשבון הדולרים שהחזיקה אישתו בארצות הברית. שמעון פרס נבחר במקומו ליו"ר מפלגת העבודה והנהיג את 'המערך' בבחירות לכנסת ה-9 בשנת 1977. בבחירות אלה התרחש 'המהפך' - 'הליכוד' ניצח את 'המערך', מפלגת העבודה איבדה את השלטון והפכה לראשונה בתולדותיה למפלגת אופוזיציה.
בשנת 1984, לאחר הבחירות לכנסת ה-11, החליטה מפלגת העבודה להצטרף לממשלת האחדות הלאומית. עקב כך פרשה מפ"ם מ'המערך' ומפלגת העבודה שבה לפעול באופן עצמאי. בשנים 1986-1984 כיהן פרס כיהן כראש הממשלה ובשנים 1990-1986 כממלא מקום ראש הממשלה. בשנים אלו החזיקו נציגי המפלגה בתיקים חשובים (ביטחון, חינוך, תרבות, חקלאות ועוד) ושלמה הלל כיהן כיו"ר הכנסת. בשנת 1990 התפרקה ממשלת האחדות, בעקבות 'התרגיל המסריח' ומפלגת העבודה שבה לאופוזיציה.
בשנת 1992 נבחר רבין בשנית ליו"ר מפלגת העבודה ובבחירות לכנסת ה-13 הוביל את המפלגה לנצחון. מפלגת העבודה שבה להחזיק בתיקים החשובים בממשלה, וכן בראשות הכנסת וההנהלה הציונית. לאחר רצח רבין בשנת 1995, שב פרס לכהן כראש הממשלה ויו"ר המפלגה. בעקבות הבחירות לכנסת ה- 14 בשנת 1996 היתה מפלגת העבודה למפלגה הגדולה ביותר בכנסת (34 מנדטים), אך בשל הפסדו של פרס בבחירות הישירות לראשות הממשלה, שבה לאופוזיציה.
בשנת 1997 נבחר אהוד ברק ליו"ר מפלגת העבודה. בבחירות לכנסת ה-15 בשנת 1999 התמודדה המפלגה במסגרת רשימת 'ישראל אחת' (שכללה את מפלגת העבודה, מפלגת 'גשר' ותנועת מימד). בעקבות הבחירות היתה 'ישראל אחת' לסיעה הגדולה ביותר בכנסת (26 מנדטים), ובזכות נצחונו של ברק בבחירות הישירות לראשות הממשלה, הקימה את הממשלה. כעבור כשנה פרשה 'גשר' מ'ישראל אחת' ובנובמבר 2000 התפטר ברק מראשות הממשלה. בפברואר 2001, נערכו בחירות מיוחדות לראשות הממשלה שבהן הפסיד ברק לאריאל שרון, מנהיג 'הליכוד'. בעקבות כשלונו התפטר ברק כנסת ומהנהגת מפלגת העבודה, ובנימין בן-אליעזר מונה ליו"ר זמני של המפלגה. מפלגת העבודה הצטרפה לממשלת האחדות בראשות שרון, שמעון פרס כיהן כשר החוץ ובנימין בן-אליעזר כשר הביטחון. באוקטובר 2002 פרשה מפלגת העבודה
מהממשלה, בשל התנגדותה לתוכנית הכלכלית ולהצעת התקציב. עמרם מצנע , שנבחר ליו"ר המפלגה, הוביל את הרשימה המאוחדת 'מפלגת העבודה-מימד'
לבחירות לכנסת ה-16 בשנת 2003. 'הליכוד' ניצח ומפלגת העבודה שבה לאופוזיציה. לאחר כמה חודשים הוחלף עמרם מצנע בשמעון פרס שנבחר כיו"ר
זמני.
במהלך הכנסת השש-עשרה התמזגה מפלגת העבודה עם מפלגת 'עם
אחד' בראשות עמיר פרץ והצהירה על מחויבות מחודשת לדבקות בערכי השמאל
החברתי. בסוף
2004, לאחר פרישת מפלגת 'שינוי' מהממשלה, הצטרפה מפלגת העבודה לממשלה. בנובמבר 2005 נבחר פרץ, ליו"ר המפלגה, כשהוא גובר על פרס ובן-אליעזר. לאחר בחירתו הוביל פרץ את המפלגה לפרישה מהממשלה. בנובמבר 2005 הודיע
פרס על פרישתו ממפלגת העבודה לטובת מפלגת 'קדימה'.
בבחירות לכנסת ה17 בשנת 2006 השיגה רשימת 'מפלגת העבודה-מימד' בראשותו של פרץ 19
מנדטים בלבד והיתה לסיעה השנייה בגודלה בכנסת. המפלגה הצטרפה לממשלה בראשות אהוד אולמרט כשותפה
בכירה וקיבלה שבעה תיקים, ביניהם תיקי החינוך והביטחון, שניתן לעמיר פרץ. התנהלותו של פרץ כיו"ר המפלגה וכשר ביטחון, עוררו ביקורת קשה במפלגה, שהתגברה בעקבות מלחמת לבנון השנייה. בבחירות לראשות המפלגה ביוני 2007 נבחר אהוד ברק בשנית ליו"ר המפלגה כשהוא גובר על עמי אילון, פרץ ומועמדים נוספים. ביוני 2007 החליף ברק את פרץ בתפקיד שר הביטחון
וסגן ראש הממשלה.
מאז הקמתה היתה מפלגת העבודה המפלגה הדומיננטית בהסתדרות הכללית: בשנים 1969-1968 במסגרת 'המערך לאחדות ישראל', בשנים 1989-1969 במסגרת 'המערך' ובשנים 1994-1989 במסגרת מפלגת העבודה. נציגי המפלגה: אהרן בקר, יצחק בן אהרון, ירוחם משל, ישראל קיסר וחיים הברפלד כיהנו בתקופה זאת בתפקיד המזכ"ל. בבחירות להסתדרות בשנת 1994 נוצחה הרשימה של מפלגת העבודה על ידי רשימת 'רם' בהנהגת חיים רמון ועמיר פרץ, שפרשו ממפלגת העבודה. במסגרת תפקידו כמזכ"ל ההסתדרות שינה רמון את שמו של המוסד ל'הסתדרות העובדים החדשה' וביצע בו רפורמות מקיפות. בכך הגיע לסיומו השלטון של מפלגת העבודה בהסתדרות.