בשנת 1904 נקנו אדמות אום ג'וני, שליד שפך הכנרת בכספי ההסתדרות הציונית. מטרת הרכישה היתה הקמת מוסד חינוכי עבור יתומים ניצולי הפרעות ברוסיה שהובאו מקישנייב. התכנית התבטלה ובשנת 1908 שונה יעודן של הקרקעות ביוזמתו של המשרד הארצישראלי והוקמה במקום 'חוות כנרת', חוות לימוד והכשרה חקלאית בהנהלת האגרונום יעקב ברמן.

בשנת 1909 פרץ סכסוך בין ברמן לבין פועלי החווה. בתיווכו של ארתור רופין נמסרו לפועלים לעיבוד אדמות אום ג'וני שממזרח לירדן. קבוצת הפועלים התיישבה על אדמות אום ג'וני כ'קבוצת כיבוש', וניהלה בעצמה את עבודתה. כעבור שנה עלתה למקום קבוצת פועלים שכונתה 'הקומונה החדרתית'. פועלים אלו החליטו להקים במקום התיישבות קבע ויסדו את דגניה, הקבוצה השיתופית הראשונה.

בשנת 1911 הוקמה בתחום חוות כינרת, על שטח אדמה נפרד 'חוות העלמות', בניהולה של חנה מייזל. בשנת 1912 פרצה בכינרת שביתת פועלים שאורגנה על-ידי ברל כצנלסון כנגד המנהל ברמן. בעקבות השביתה הוחלף ברמן ופוטרו חלק מהפועלים. החווה עברה לאחר מכן לקבוצת עולים מארצות הברית בראשות אליעזר יפה, קבוצה זו שאפה להקים התיישבות כפרית על יסודות שיתופיים חלקיים והקימה מאוחר יותר את מושב העובדים נהלל'. בשנת 1913 הגיעה למקום קבוצת פועלים חדשה, עליה נמנו גם ראשוני קבוצת כינרת וכן א.ד. גורדון.

בשנת 1919 נעשה נסיון להקים בחווה קבוצה שיתופית גדולה, שכונתה 'קבוצת השישים', אך ניסיון זה לא עלה יפה. הרעיון נוסה בשנית במסגרת גדוד העבודה עם הקמתם של הקיבוצים עין חרוד ותל-יוסף. בשנת 1920, בכינוס של 'אחדות העבודה' בחווה הוחלט על הקמתו של ארגון 'ההגנה'.

כנרת הפסיקה לשמש חוות לימוד לאחר מכן, אך המשיכה לשמש כמקום משכן זמני לגרעיני התיישבות לקיבוצים עין גב, אפיקים ומעגן לפני עלייתם לקרקע. לאחר קום המדינה ועד לשנת 1974 שימשה החווה כבסיס צה"ל. כיום מתבצעות באתר החווה עבודות שיקום ושחזור.