בשנות השמונים של המאה ה-19 החלה הגירה המונית של מיליוני יהודים, רובם חסרי אמצעים, ממזרח אירופה אל ארצות המערב. באותן שנים הפך הברון מוריס הירש, מגדולי הנדבנים בדורו, מעורב יותר ויותר במפעלי עזרה למהגרים אלה ובשנת 1891 הוא הקים בלונדון את חברת יק"א, שתפקידה לסייע להגירתם של יהודים מאסיה ומאירופה לחלקים אחרים בעולם ולהקים עבורם מושבות בצפון אמריקה, בדרומה ובארצות נוספות למטרות חקלאיות ומסחריות.
הפעילות ההתיישבותית של יק"א התבצעה בעיקר בארגנטינה, שם נרכשו קרקעות בהיקף של כשישה מיליון דונם במטרה לישב בהם כשלושה מיליון יהודים בחוות חקלאיות. מפעל ההתישבות בארגנטינה, שהתחיל בתנופה רבה והתיימר לפתור את מצוקתם של יהודי רוסיה, איכזב בסופו של דבר ורק כעשרים אלף משפחות התיישבו במושבות שהוקמו ברחבי ארגנטינה. רבים מבני המתיישבים עזבו את המושבות ועברו לערים, ומבני הדור השלישי רק מעטים נשארו במושבות החקלאיות. לא נוצר מעמד של חקלאים יהודים בארגנטינה, וגם נסיונות התיישבות נוספים בהיקפים קטנים יותר שנעשו בברזיל, קנדה ובמדינות נוספות - נחלו הצלחה מעטה. מלבד תחום זה, פעלה יק"א בתחומים נוספים: הקימה בתי-ספר, בעיקר מקצועיים, במזרח אירופה ובארצות מוסלמיות, העניקה סכומי כסף נכבדים לרשת מוסדות החינוך של חברת 'אליאנס' (כי"ח), הקימה מוסדות אשראי רבים ונתנה הלוואות למאות אלפי בעלי משפחה ויצרנים זעירים יהודים.
הברון הירש הסתייג מעזרה להתיישבות היהודית בארץ ישראל, משום שלא האמין בעתידם של יישובים שיקומו תחת השלטון העות'מאני המושחת. עם זאת בשנת 1896, לאחר פטירתו של הברון הירש החלה יק"א לסייע למושבות שלא היו תחת חסותו של הברון רוטשילד, כגון נס ציונה ומשמר הירדן. בתחילת 1900, העביר הברון רוטשילד לניהולה של יק"א את מפעל ההתיישבות שלו בארץ ישראל. ניהול מפעל
ההתישבות הועברה לידי 'הוועדה הארצישראלית', שבראשה עמד הברון ואשר כללה
שני נציגים נוספים של הברון ושלושה נציגים של יק"א. במקביל לפעילותה של הוועדה הארצישראלית המשיכה יק"א לתמוך
בנפרד במושבות שנתמכו על ידה משנת 1896, ואשר לא נכללו במפעליו של
הברון. במשך 14 שנים, מ-1 בינואר 1900 ועד לפרוץ מלחמת העולם הראשונה בקיץ 1914, פעלה חברת יק"א בארץ ישראל בהיקף נרחב בפיקוחו המלא של הברון רוטשילד.
יק"א הכתיבה מדיניות כלכלית נוקשה וברורה יותר כלפי המושבות. ההלוואות, שנתנה לאיכרים היו בריבית נמוכה, אבל היא עמדה על כך שההלוואות יוחזרו. בנוסף, חיסלה יק"א מפעלים כלכליים, שהוכחו כבלתי כדאיים והנהיגה תשלום ריאלי עבור יבולי הענבים. בסופו של דבר הובילה יק"א להבראת המושבות. בנוסף לכך הקימה החברת חווה להכשרה חקלאית בסג'רה וכן מושבות נוספות: סג'רה (אילניה), מסחה (כפר תבור), מלחמיה (מנחמיה), ימה (יבנאל) ועוד.
בשנת 1919, לאחר מלחמת העולם הראשונה ולנוכח המציאות החדשה בארץ ישראל, החליט הברון רוטשילד להתנתק מיק"א ולהקים ארגון חזק ועצמאי, שיקבל על עצמו את האחריות למפעל ההתיישבות ולפעילות הכלכלית בארץ. באוקטובר 1920 הציע הבארון ליק"א להפוך את הוועדה הארצישראלית לחברה בלתי-תלויה, שתיקח על עצמה את מלוא האחריות לפיתוחה החקלאי והתעשייתי של ארץ-ישראל. יק"א הסכימה ובשנת 1924 הוקמה פיק"א אשר קיבלה עליה את תפקידיה של הוועדה הארצישראלית.
יק"א צימצמה את פעילותה בארץ ישראל המשיכה לפעול בעיקר בתפוצות. בשנת 1933 הקימה יק"א יחד עם קרן העזרה שהוקמה לאחר מאורעות תרפ"ט את חברת אמיק"א, ובאמצעותה שבה לפעול בארץ ישראל. חברת אמיק"א סייעה בשיקום המושבה באר יעקב שנהרסה בפרעות תרפ"ט, הקימה ישובים חקלאיים (באר טוביה וכפר ורבורג) והחלה בהכנות ליבוש ימת החולה. אחרי הקמת המדינה המשיכה אמיק"א בפעילותה בסיוע להתישבות החקלאית. בשנת 1955 כאשר נותרה יק"א כמממנת היחידה של אמיק"א, שונה שם החברה ל'חברה היהודית להתישבות (יק"א) בישראל' והיא המשיכה להקים מושבים חקלאיים בשיתוף פעולה עם הסוכנות היהודית.
כיום עוסקת יק"א בפעילות לפיתוח אזורי הפריפריה (הגליל והנגב) ותומכת בפרויקטים חדשניים בתחומי החינוך, החקלאות והתיירות.