בשנת 1932 החמיר מצבם של יהודי גרמניה ובני נוער יהודים רבים נותרו ללא מסגרת חינוכית או תעסוקתית. ביזמתה של רחה פרייאר, אשת חינוך ופעילה ציונית, הוקמה 'האגודה לעזרת הנוער היהודי', שמטרתה להעלות בני נוער מגרמניה לארץ ישראל ולהכשיראותם לעבודה חקלאית. בשנה הראשונה לפעילות הארגון עלתה לארץ ישראל קבוצה של 25 בני נוער מברלין אשר נקלטה בכפר הנוער בן שמן.

בשנת 1933, לאחר עליית הנאצים לשלטון בגרמניה, התחזקה ההכרה בחשיבותו של מפעל זה. האחריות עליו הועברה לסוכנות היהודית והוקמה הלשכה לעליית הנוער בראשות הנרייטה סאלד. ערב מלחמת העולם השניה, עקב החמרת מצב היהודים באירופה, הוגדל היקף הפעילות של עליית הנוער בגרמניה והיא הורחבה למדינות נוספות. עליית הנוער הסתייעה בממסד הציוני בארץ ובגולה, ובארגוני הנשים היהודיות בארצות המערב.

ההתחלה הרשמית של מפעל עליית הנוער היא ב-19 בפברואר 1934 עם העלאתה לארץ של קבוצה ראשונה של בני נוער מגרמניה וקליטתה בעין חרוד. עד פרוץ מלחמת העולם השנייה טיפלה עליית הנוער בהוצאתם של כ-5,000 ילדים ונערים מגרמניה וממזרח אירופה והעברתם לישראל. העולים עברו באירופה הכנה לחיים בישראל והובאו ארצה בקבוצות ללא הוריהם. רוב בני הנוער הופנו לקיבוצים והשאר לכפרי ילדים ונוער, לבתי ספר חקלאיים ולמושבי עובדים. החניכים נקלטו ברובם במסגרת חברות נוער ששילבו לימודים, עבודה וחיי חברה. במושבים נקלטו העולים במסגרת משפחות מאמצות.

בתקופת מלחמת העולם השנייה טיפלה עלית הנוער בכ-10,000 ילדים ונערים, רובם פליטים מאירופה, בהם 'ילדי טהראן' ו'ילדי טרנסניסטריה', ומיעוטם יוצאי ארצות ערב שהגיעו לארץ ישראל במסגרת עליה ב'.

לאחר המלחמה ועד להקמתה של מדינת ישראל טיפלה עליית הנוער בכ-15,000 חניכים, רובם פליטי שואה שאיבדו את משפחותיהם. בעזרת תנועות הנוער הציוניות, הוקמוגנה בתי ילדים זמניים באירופה ובקפריסין, שבהם שהו החניכים עד לעלייתם וקליטתם במסגרות של עליית הנוער.

בשנות העלייה ההמונית שלאחר קום המדינה נקלטו במסגרות של עליית הנוער עשרות אלפים מבני העולים. עליית הנוער עזרה בכך למדינת ישראל הצעירה להתמודד עם קשיי החינוך של בני העולים והקלה על המשפחות שלהם את ההתמודדות עם קשיי הקליטה. בשנות ה-50 החלה עלית הנוער להקים 'מרכזי נוער', מוסדות בקהילה לחינוך ולהכשרה של בני נוער שלא נקלטו בתיכונים או בפנימיות.

בראשית שנות ה-70 החלה עליית הנוער לקלוט במוסדותיה ילדים ונוער ממשפחות מצוקה, בני הדור השני למשפחות העולים משנות ה-50. עד שלהי שנות ה-80 השתייכו רוב החניכים במוסדותיה לאוכלוסיה זו. מראשית שנות ה-80 נקלטו במסגרות של עליית הנוער רוב העולים הצעירים מאתיופיה, ובשנות ה-90 בעקבות העליה הגדולה מברית המועצות שוב היה רוב במוסדות לבני נוער עולים.

הערכים החינוכיים המנחים לאורך השנים את פעילותה של עליית הנוער מבטאים את הזרם המרכזי של האידיאולוגיה הציונית. בשנים הראשונות של המפעל הערכים המנחים היו עלייה, התיישבות חלוצית והתנדבות למשימות לאומיות. בשנות המדינה הראשונות - קליטה של העולים ושילוב מהיר שלהם בחברה הישראלית. משנות ה-70- קידום אוכלוסיות משולי החברה הישראלית באמצעות הקניית השכלה ומקצוע.

עליית הנוער לא התערבה בדרך כלל ביעדים החינוכייים הספציפיים של מוסדות החינוך השונים (פוליטיים, דתיים, אזרחיים). רוב החניכים נקלטו במסגרת של פנימייה מפני שרבים מהחניכים עלו ארצה ללא הורים או שבאו מבתים ללא תנאי מחיה נאותים. הפניימייה הרחיקה ילדים מהוריהם ומהתרבות המקורית שלהם ואיפשרה שינוי תרבותי מהיר. החינוך כלל שלושה מרכיבים: לימודים, עבודה וחברה, כשהמשקל של המרכיבים השונים השתנה במהלך השנים ונטה בהדרגה לכיוון הלימודים בעיקר על חשבון העבודה. עליית הנוער סיפקה מערכת של שירותים חינוכיים שסייעו למוסדות החינוך השונים: פיקוח חינוכי, מערך הנחיה למורים ולצוותי הפנימיה, תוכניות העשרה, מערכת הכשרה והשתלמויות ושירות פסיכולוגי שמייעץ לצוותים.

בסך הכל התחנכו במסגרות עליית הנוער במהלך השנים יותר מ-250,000 חניכים. בתקופות השיא (בשנות ה-50 ובשנות-80) הגיע מספר החניכים לכ-18,000 בשנה. עד שנת 1996 היתה עליית הנוער מחלקה בסוכנות ומומנה מכספי מגביות. בשנה זו הועברה עליית הנוער למשרד החינוך והיא כיום חלק מהמינהל לחינוך התיישבותי.