הפעילות המסחרית של החברה כללה בתחילה הפעלת קו סדיר אחד בין לוד לבין חיפה ושירות לטיסות מיוחדות. הפעילות העיקרית היתה בתחום הלאומי ביטחוני. בתקופת מאורעות 1939-1936 שימשו מטוסי החברה לטיסות סיור ולקישור אל יישובים מרוחקים, שבהם הוכשרו מינחתים. המטוסים העבירו לישובים אלו מזון, תחמושת וכוח אדם ושימשו לפינוי פצועים אל בתי החולים. מטוסי החברה ליוו את העליה לקרקע בימי 'חומה ומגדל' (ביחוד בהקמת חניתה במרץ 1938). מטוסי החברה היו חגים מעל קבוצות חקלאים ופועלים במקומות מרוחקים ושומרים עליהם, לדוגמא בעת הקמת גדר הצפון. המטוסים סייעו בתצפית למבצעים של פלוגות השדה (הפו"ש).

במרץ 1938 נפתח קורס הטיס הראשון של החברה ליד קיבוץ אפיקים שבעמק הירדן. חניכי הקורס היו חברי הקלוב הארצישראלי לתעופה שעסקו בדאייה כהכנה להכשרתם כטייסים. ביולי 1939 הוענקו כנפי-טיס לתשעת הבוגרים הראשונים. קורס שני נפתח בעקבותיו, אך התנהל בתנאים מגבילים עקב פרוץ מלחמת העולם השניה. בשנת 1943 חודשו הקורסים, ועד לפירוק החברה בשנת 1948, הוכשרו במסגרתם כ-140 טייסים.

בשנת 1939, שככו המאורעות ו'אווירון' נדרשה פחות להגנת היישוב. באותה תקופה התפרקו חברות תעופה אחרות ביישוב וצי המטוסים של החברה הורחב. הוגשו הצעות לממשלת המנדט להרחבת הפעילות המסחרית: העברת בסיס החברה מלוד לשדה התעופה בתל אביב, הפעלת טיסות בינלאומיות ופתיחת קו טיסה סדיר לצמח. הבקשות נידחו, מלבד פתיחת הקו לצמח, שהחל לפעול באפריל 1940 ובמסגרתו בוצעו בכל שבוע שתי טיסות סדירות.

פרוץ מלחמת העולם השנייה צימצם את האפשרויות העסקיות שעמדו בפני החברה. ביוני 1940, כשהחזית התקרבה מאוד לשטח המנדט, הועבר כל תחום התעופה בארץ ישראל לשליטתה של מפקדת חיל האוויר הבריטי בירושלים. טיסות חברת 'אווירון' הופסקו, וקורס הטיס השני שנפתח נמשך תחת תנאים מגבילים.

בשלהי שנת 1940 ניספו הוז ובן יעקב בתאונת דרכים. את מקומו של יצחק בן יעקב, המנהל בפועל, מילא אורי מיכאלי. עד תום המלחמה הוקפאה הפעילות כמעט לחלוטין ואימון הטייסים העבריים שהופסק עד שנת 1943. משנת 1944 שימשו מטוסי החברה את מחלקת הטיס של הפלמ"ח, באימוני טייסים ובטיסות סיור וצילום. בשנת 1948 הועברו מטוסי החברה לשירות האוויר של ה'הגנה', שממנו צמח חיל האוויר.